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万見
- PDB-1eq6: 1.9 ANGSTROM RESOLUTION CRYSTAL STRUCTURE OF THE SACCHAROMYCES CE... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1eq6
タイトル1.9 ANGSTROM RESOLUTION CRYSTAL STRUCTURE OF THE SACCHAROMYCES CEREVISIAE RAN-BINDING PROTEIN MOG1P
要素MOG1P
キーワードPROTEIN TRANSPORT / alpha-beta
機能・相同性
機能・相同性情報


mRNA transport / guanyl-nucleotide exchange factor activity / small GTPase binding / protein import into nucleus / 細胞核
類似検索 - 分子機能
Ran-interacting Mog1 protein / Ran-interacting Mog1 protein / Mog1/PsbP, alpha/beta/alpha sandwich / Protein Transport Mog1p; Chain A / Mog1/PsbP, alpha/beta/alpha sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Nuclear import protein MOG1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / MAD PLUS SIR / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Stewart, M. / Baker, R.P.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000
タイトル: 1.9 A resolution crystal structure of the Saccharomyces cerevisiae Ran-binding protein Mog1p.
著者: Stewart, M. / Baker, R.P.
履歴
登録2000年4月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年5月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年1月31日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MOG1P


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,1611
ポリマ－21,1611
非ポリマー00
水2,234124
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)39.672, 51.963, 112.234
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 MOG1P


分子量: 21160.680 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 30-218 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
プラスミド: PMW172 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P47123
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 124 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.5 % / 解説: 3A PHASES OBTAINED FROM SE-MET MAD PLUS Hg SIR
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: PEG4000, glycerol, sodium acetate, DTT, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 18K
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 49.5 %
結晶化
*PLUS
温度: 291 K / pH: 5.6 / 手法: 蒸気拡散法
詳細: Baker, R.P.,(2000) Acta Crystallog. Sect., D56, 229.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
10.2 Mammonium acetate1reservoir
21 Msodium citrate1reservoir
330 %PEG40001reservoir
410-12 mg/mlprotein1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID2 / 波長: 0.9887
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年5月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9887 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→20 Å / Num. all: 18951 / Num. obs: 18625 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 33 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.039 / Net I/σ(I): 11.5
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 3.3 % / Mean I/σ(I) obs: 4.9 / Num. unique all: 2679 / Rsym value: 0.146 / % possible all: 98.5
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 98.7 % / Rmerge(I) obs: 0.146

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SHARP位相決定
CNS精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: MAD PLUS SIR / 解像度: 1.9→20 Å / 交差検証法: FREE-R / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER / 詳細: used maximum likelihood target "mlf"
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2458 944 5 %RANDOM
Rwork0.2171 ---
all0.2185 18951 --
obs0.2185 18625 98.3 %-
原子変位パラメータBiso mean: 33.32 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.629 Å20 Å20 Å2
2---12.176 Å20 Å2
3---10.547 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.27 Å0.23 Å
Luzzati d res low-20 Å
Luzzati sigma a0.12 Å0.12 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1488 0 0 124 1612
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.57
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.32
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.923
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.55
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.2
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.49
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.35
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.268 101 5.5 %
Rwork0.227 1715 -
obs--98.5 %
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 20 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg25.32
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.923
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 1.97 Å / Rfactor Rfree: 0.268 / % reflection Rfree: 5.5 % / Rfactor Rwork: 0.227 / Rfactor obs: 0.227

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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