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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1emg | ||||||
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タイトル | GREEN FLUORESCENT PROTEIN (65-67 REPLACED BY CRO, S65T SUBSTITUTION, Q80R) | ||||||
![]() | PROTEIN (GREEN FLUORESCENT PROTEIN) | ||||||
![]() | GREENFLUORESCENT PROTEIN / ![]() ![]() ![]() | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Elsliger, M.A. / Wachter, R.M. / Kallio, K. / Hanson, G.T. / Remington, S.J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural and spectral response of green fluorescent protein variants to changes in pH. 著者: Elsliger, M.A. / Wachter, R.M. / Hanson, G.T. / Kallio, K. / Remington, S.J. #1: ![]() タイトル: Spectral and Structural Response of Gfp Mutants to Variations in Ph and Ionic Strength 著者: Wachter, R.M. / Elsliger-A, M. / Kallio, K. / Hanson, G.T. / Remington, S.J. #2: ![]() タイトル: Structural Basis of Spectral Shifts in the Yellow-Emission Variants of Green Fluorescent Protein 著者: Wachter, R.M. / Elsliger-A, M. / Kallio, K. / Hanson, G.T. / Remington, S.J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 60.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 42.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26945.383 Da / 分子数: 1 変異: 65 - 67 REPLACED BY CRO, S65T SUBSTITUTION, Q80R SUBSTITUTION 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 株: JM109(DE3) / 組織: CIRCUMORAL RING CANAL / 解説: THE N-TERMINAL HIS-TAG HAS BEEN REMOVED / 器官: PHOTOGENIC ORGAN / 細胞内の位置 (発現宿主): CYTAPLASM / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / ![]() |
配列の詳細 | THE FLUOROPHORE (CRO) IS GENERATED BY AN AUTOCATALYTIC CYCLIZATION OF THE POLYPEPTIDE BACKBONE ...THE FLUOROPHOR |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.17 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化![]() | pH: 8 詳細: CRYSTALLIZATION CONDITIONS: 22-26% PEG 4000, 50 MM HEPES PH 8.0, 50 MM MGCL2, 12 MG PROTEIN | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 7.9 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 295 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: MIRRORS |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 2→20 Å / Num. obs: 16011 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 23.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.075 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.05 Å / % possible all: 94 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 93073 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 94 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1EMA 解像度: 2→20 Å / Isotropic thermal model: TNT / 立体化学のターゲット値: TNT /
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: BABINET SCALING / Bsol: 148.1 Å2 / ksol: 0.769 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: TNT / バージョン: 5F / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.19 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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