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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1emc | |||||||||
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タイトル | GREEN FLUORESCENT PROTEIN FROM AEQUOREA VICTORIA, MUTANT | |||||||||
![]() | GREEN FLUORESCENT PROTEIN![]() | |||||||||
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機能・相同性 | ![]() | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Palm, G. / Zdanov, A. / Wlodawer, A. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: The structural basis for spectral variations in green fluorescent protein. 著者: Palm, G.J. / Zdanov, A. / Gaitanaris, G.A. / Stauber, R. / Pavlakis, G.N. / Wlodawer, A. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 188.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 150.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCS oper:
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要素
#1: タンパク質 | ![]() 分子量: 26941.283 Da / 分子数: 4 / 変異: INS(A1[B]), F64L, I167T, K238N / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 組織: CIRCUMORAL RING CANAL / 遺伝子: GFP / 器官: PHOTOGENIC ORGAN / プラスミド: PFRED11 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 細胞内の位置 (発現宿主): CYTOPLASM / 遺伝子 (発現宿主): SG11 / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() 非ポリマーの詳細 | GYS: [(4Z)-2-[(1R)-1-AMINO-2-HYDROXYETHYL]-4-(4-HYDROXYBENZYLIDENE)-5-OXO-4,5-DIHYDRO-1H-IMIDAZOL-1- ...GYS: [(4Z)-2-[(1R)-1-AMINO-2-HYDROXYETH | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化![]() | 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED BY HANGING DROP METHOD. PROTEIN SOLUTION: 14 MG/ML IN 20 MM KPO4, PH 7.0 WELL SOLUTION: 60% MPD, 50MM TRISCL, PH 8.0 PROTEIN:WELL 1:1, vapor diffusion - hanging drop PH範囲: 7.0-8.0 | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: protein solution is mixed in a 1:1 ratio with well solution | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 295 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: MACSCIENCE / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年10月12日 / 詳細: MIRROR |
放射 | モノクロメーター: NI / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 2.3→10 Å / Num. obs: 31013 / % possible obs: 78.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.9 % / Rsym value: 0.078 / Net I/σ(I): 6.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.38 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Rsym value: 0.253 / % possible all: 56.9 |
反射 | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.078 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 56.9 % / Rmerge(I) obs: 0.253 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1EMA 解像度: 2.3→10 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 100000 / Data cutoff low absF: 0.1 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / σ(F): 2 詳細: PARAMETERS FOR THE CHROMOPHORE WERE ESTIMATED ACCORDING TO A MODEL COMPOUND (B.TINANT ET AL., CRYST. STRUCT. COMM., 1980, 9, 671-674). ATOMS CA, CB, OG1, AND CG2 OF THR ? 203 ? WERE REFINED ...詳細: PARAMETERS FOR THE CHROMOPHORE WERE ESTIMATED ACCORDING TO A MODEL COMPOUND (B.TINANT ET AL., CRYST. STRUCT. COMM., 1980, 9, 671-674). ATOMS CA, CB, OG1, AND CG2 OF THR ? 203 ? WERE REFINED IN TWO ALTERNATE CONFORMATIONS.
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原子変位パラメータ | Biso mean: 15.4 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→10 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.3→2.4 Å / Rfactor Rfree error: 0.026 / Total num. of bins used: 8
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor obs: 0.27 |