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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1emb | ||||||
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タイトル | GREEN FLUORESCENT PROTEIN (GFP) FROM AEQUOREA VICTORIA, GLN 80 REPLACED WITH ARG | ||||||
![]() | GREEN FLUORESCENT PROTEIN![]() | ||||||
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機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Brejc, K. / Sixma, T. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural basis for dual excitation and photoisomerization of the Aequorea victoria green fluorescent protein. 著者: Brejc, K. / Sixma, T.K. / Kitts, P.A. / Kain, S.R. / Tsien, R.Y. / Ormo, M. / Remington, S.J. #1: ![]() タイトル: Crystal Structure of the Aequorea Victoria Green Fluorescent Protein 著者: Ormo, M. / Cubitt, A.B. / Kallio, K. / Gross, L.A. / Tsien, R.Y. / Remington, S.J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 55.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 43.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1emaS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | ![]() 分子量: 26945.383 Da / 分子数: 1 / 変異: Q80R / 由来タイプ: 組換発現 詳細: CHROMOPHORE CONTAINING PROTEIN 65 - 67 DENOTED AS CRO 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 細胞内の位置 (発現宿主): CYTOPLASM / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / ![]() |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化![]() | pH: 3.8 詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 50 MM KH2PO4 AND 20 % (W/V) PEG 8000, PH 3.8. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 295 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年9月1日 |
放射 | モノクロメーター: NI FILTER / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 2.13→20 Å / Num. obs: 13001 / % possible obs: 91.3 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 4.8 % / Rsym value: 0.061 / Net I/σ(I): 7.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.13→2.2 Å / 冗長度: 5.3 % / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / Rsym value: 0.186 / % possible all: 54.5 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 60182 / Rmerge(I) obs: 0.061 |
反射 シェル | *PLUS 最低解像度: 2.2 Å / % possible obs: 54.5 % / Rmerge(I) obs: 0.186 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1EMA 解像度: 2.13→20 Å / Isotropic thermal model: TNT BCORREL / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: TNT PROTGEO
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溶媒の処理 | Bsol: 145.5 Å2 / ksol: 0.8 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.13→20 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: TNT / バージョン: 5E / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.196 / Rfactor Rfree![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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