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万見
- PDB-1elk: VHS domain of TOM1 protein from H. sapiens -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1elk
タイトルVHS domain of TOM1 protein from H. sapiens
要素TARGET OF MYB1
キーワードENDOCYTOSIS/EXOCYTOSIS / Superhelix of helices / ENDOCYTOSIS-EXOCYTOSIS COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


myosin VI binding / substrate localization to autophagosome / regulation of endosome organization / clathrin heavy chain binding / phosphatidylinositol-5-phosphate binding / autophagosome-lysosome fusion / positive regulation of autophagosome maturation / endosomal transport / azurophil granule membrane / clathrin binding ...myosin VI binding / substrate localization to autophagosome / regulation of endosome organization / clathrin heavy chain binding / phosphatidylinositol-5-phosphate binding / autophagosome-lysosome fusion / positive regulation of autophagosome maturation / endosomal transport / azurophil granule membrane / clathrin binding / polyubiquitin modification-dependent protein binding / specific granule membrane / ubiquitin binding / エンドサイトーシス / protein transport / early endosome membrane / エンドソーム / endosome membrane / エンドソーム / Neutrophil degranulation / シグナル伝達 / extracellular exosome / 生体膜 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Target of Myb protein 1 / GAT domain / GAT domain superfamily / GAT domain / GAT domain profile. / VHS domain / VHS domain / VHS domain profile. / Domain present in VPS-27, Hrs and STAM / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #90 ...Target of Myb protein 1 / GAT domain / GAT domain superfamily / GAT domain / GAT domain profile. / VHS domain / VHS domain / VHS domain profile. / Domain present in VPS-27, Hrs and STAM / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #90 / ENTH/VHS / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Αソレノイド / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Target of Myb1 membrane trafficking protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Misra, S. / Beach, B. / Hurley, J.H.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2000
タイトル: Structure of the VHS domain of human Tom1 (target of myb 1): insights into interactions with proteins and membranes
著者: Misra, S. / Beach, B. / Hurley, J.H.
#1: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1998
タイトル: VHS domain marks a group of proteins involved in endocytosis and vesicular trafficking.
著者: Lohi, O. / Lehto, V.P.
履歴
登録2000年3月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年3月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月3日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TARGET OF MYB1
B: TARGET OF MYB1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,9682
ポリマ－34,9682
非ポリマー00
水6,792377
1
A: TARGET OF MYB1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,4841
ポリマ－17,4841
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: TARGET OF MYB1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,4841
ポリマ－17,4841
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)42.07, 52.86, 73.22
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 99.75, 90.0
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細Biological assembly unknown; dimer within asymmetric unit is likely nonbiological

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要素

#1: タンパク質 TARGET OF MYB1


分子量: 17484.029 Da / 分子数: 2 / 断片: VHS DOMAIN / 変異: M1G; C-TERMINAL CLONING ARTIFACT GAM / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
Plasmid details: PARALLEL PHIS2 (SHEFFIELD P, GARRARD S, DEREWENDA Z.,PROTEIN EXPR PURIF. 1999, 15(1):34-99
プラスミド: PHIS2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O60784
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 377 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.4 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 20%PEG8000, 100 mM HEPES pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
150 mM1dropNaCl
220 mMTris-HCl1drop
30.1 mMEDTA1drop
410 mMdithiothreitol1drop
512-18 mg/mlprotain1drop
620 %PEG80001reservoir
7100 mMHEPES1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X9B / 波長: 0.9793
検出器タイプ: ADSC / 検出器: CCD / 日付: 1999年11月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→15 Å / Num. all: 49338 / Num. obs: 49338 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.36 % / Biso Wilson estimate: 15.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 22.4
反射 シェル解像度: 1.5→1.55 Å / 冗長度: 2.71 % / Rmerge(I) obs: 0.276 / % possible all: 94.8
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.076
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 94.8 % / Num. unique obs: 4775 / Mean I/σ(I) obs: 6.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS0.9精密化
CNS0.9位相決定
精密化解像度: 1.5→15.67 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.221 4722 Random
Rwork0.193 --
all0.201 48257 -
obs0.201 48257 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→15.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2410 0 0 377 2787
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.019
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.9
X-RAY DIFFRACTIONc_torsion_impr_deg1.38
X-RAY DIFFRACTIONc_torsion_deg21.2
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.9 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.5 Å / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor obs: 0.193
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.9
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg21.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.38
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.214 / Rfactor obs: 0.174

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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