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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1eg2 | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF RHODOBACTER SPHEROIDES (N6 ADENOSINE) METHYLTRANSFERASE (M.RSRI) | ||||||
要素 | MODIFICATION METHYLASE RSRI | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / Rossmann Fold (ロスマンフォールド) / exocyclic amino DNA methyltransferase RsrI / DNA binding (デオキシリボ核酸) / DNA modification / DNA methylation (DNAメチル化) / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / PSI / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 N-methyltransferase activity / Damメチラーゼ / site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific) activity / DNA restriction-modification system / DNA binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Rhodobacter sphaeroides (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.75 Å | ||||||
データ登録者 | Scavetta, R.D. / Thomas, C.B. / Walsh, M.A. / Szegedi, S. / Joachimiak, A. / Gumport, R.I. / Churchill, M.E.A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2000 タイトル: Structure of RsrI methyltransferase, a member of the N6-adenine beta class of DNA methyltransferases. 著者: Scavetta, R.D. / Thomas, C.B. / Walsh, M.A. / Szegedi, S. / Joachimiak, A. / Gumport, R.I. / Churchill, M.E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1eg2.cif.gz | 73.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1eg2.ent.gz | 54.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1eg2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eg/1eg2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eg/1eg2 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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2 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35702.191 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Rhodobacter sphaeroides (バクテリア) プラスミド: PET28A / 参照: UniProt: P14751, Damメチラーゼ |
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#2: 化合物 | ChemComp-MTA / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.06 % | ||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.6 詳細: 1.5 M Li2SO4, 0.1 M HEPES, 0.5% NaAzide, 10 mM EDTA, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K | ||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 7.4 / 手法: unknown | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 |
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放射光源 |
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検出器 |
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放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.7→35.33 Å / Num. all: 188165 / Num. obs: 68339 / % possible obs: 94.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 18.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.035 / Net I/σ(I): 13.2 | |||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.75→1.81 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.242 / Num. unique all: 2281 / % possible all: 93.9 | |||||||||||||||
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.75 Å / 最低解像度: 20 Å / Num. obs: 20741 / Num. measured all: 69339 | |||||||||||||||
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 93.9 % / Num. unique obs: 2281 / Num. measured obs: 2873 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.75→35.21 Å / σ(F): 0 / σ(I): 2 立体化学のターゲット値: bond violations=0.05 angle violations=8.0 dihedral violations=60.0 improper violations=3.0 reported close contacts=2.5 lower resolution limit for coordinate error estimation=5.0
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.75→35.21 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor Rfree: 0.24 / Rfactor Rwork: 0.21 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS 最高解像度: 1.75 Å / 最低解像度: 1.81 Å / Rfactor Rfree: 0.28 / Rfactor Rwork: 0.27 |