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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1e8w | ||||||
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タイトル | Structure determinants of phosphoinositide 3-kinase inhibition by wortmannin, LY294002, quercetin, myricetin and staurosporine | ||||||
![]() | PHOSPHATIDYLINOSITOL 3-KINASE CATALYTIC SUBUNIT | ||||||
![]() | PHOSPHOINOSITIDE 3-KINASE GAMMA / SECONDARY MESSENGER GENERATION / ![]() ![]() | ||||||
機能・相同性 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Walker, E.H. / Pacold, M.E. / Perisic, O. / Stephens, L. / Hawkins, P.T. / Wymann, M.P. / Williams, R.L. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural Determinations of Phosphoinositide 3-Kinase Inhibition by Wortmannin, Ly294002, Quercetin, Myricetin and Staurosporine 著者: Walker, E.H. / Pacold, M.E. / Perisic, O. / Stephens, L. / Hawkins, P.T. / Whymann, M.P. / Williams, R.L. #1: ジャーナル: Nature / 年: 1999 タイトル: Structural Insights Into Phosphoinositide 3-Kinase Catalysis and Signalling 著者: Walker, E.H. / Perisic, O. / Ried, C. / Stephens, L. / Williams, R.L. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 185.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 144.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 109952.555 Da / 分子数: 1 / 断片: PI3-KINASE P110 SUBUNIT GAMMA / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: QUERCETIN / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() ![]() 株 (発現宿主): Sf9 / 参照: UniProt: O02697, ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-QUE / ![]() |
配列の詳細 | THE NATIVE PROTEIN WAS MUTATED BY DELETION OF RESIDUES 1-143. THE RESIDUE 143 LISTED HERE IS FROM ...THE NATIVE PROTEIN WAS MUTATED BY DELETION OF RESIDUES 1-143. THE RESIDUE 143 LISTED HERE IS FROM THE HIS-TAG, AFTER THROMBIN CLEAVAGE. ALSO RESEQUENCI |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.829 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.85 % | ||||||||||||||||||||
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結晶化![]() | pH: 7.25 / 詳細: 14% PEG 4000, 0.2 M LI2SO4, 0.1 M TRIS PH 7.25 | ||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 17 ℃ / pH: 7.2 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: used hair seeding | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 1999年9月15日 / 詳細: BENT MIRROR |
放射 | モノクロメーター: DIAMOND C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 2.5→62.45 Å / Num. obs: 34614 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.37 % / Biso Wilson estimate: 57.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 22.55 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.64 Å / 冗長度: 2.9 % / Mean I/σ(I) obs: 2.51 / Rsym value: 0.397 / % possible all: 83.1 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 116715 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 83.1 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: 1QMM ![]() 1qmm 解像度: 2.5→62.45 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 1791131.55 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 49.5134 Å2 / ksol: 0.337475 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 68.2 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→62.45 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.5→2.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.028 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor Rfree![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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