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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1e8s | ||||||
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タイトル | Alu domain of the mammalian SRP (potential Alu retroposition intermediate) | ||||||
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![]() | ALU RIBONUCLEOPROTEIN PARTICLE / ALU RNP ASSEMBLY AND DIMERISATION / TRANSLATIONAL CONTROL / ALU RETROPOSITION | ||||||
機能・相同性 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
Model type details | CA ATOMS ONLY, CHAIN A, B ; P ATOMS ONLY, CHAIN C | ||||||
![]() | Weichenrieder, O. / Wild, K. / Strub, K. / Cusack, S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure and Assembly of the Alu Domain of the Mammalian Signal Recognition Particle 著者: Weichenrieder, O. / Wild, K. / Strub, K. / Cusack, S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 22.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 9.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 9996.567 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | ||
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#2: タンパク質 | 分子量: 12114.235 Da / 分子数: 1 / Fragment: TRUNCATED AFTER K107 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | ||
#3: RNA鎖 | 分子量: 28490.900 Da / 分子数: 1 / Fragment: ALU RNA / Mutation: YES / 由来タイプ: 合成 詳細: THE RNA WAS PRODUCED BY IN VITRO TRANSCRIPTION WITH T7 RNA POLYMERASE USING RIBOZYME TECHNOLOGY. 由来: (合成) ![]() ![]() | ||
#4: 化合物 | ![]() 構成要素の詳細 | SIGNAL-RECOGNITION-PARTICLE ASSEMBLY HAS A CRUCIAL ROLE IN TARGETING SECRETORY PROTEINS TO THE ...SIGNAL-RECOGNITIO | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 66 % / 解説: EUROPIUM L(III) EDGE | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化![]() | pH: 7 詳細: 50MM HEPES, 10MM MGCL2, 150MM NACL, 0.8 MM EU(NO3)3, 390MM (NH4)2SO4, 23% PEG400, pH 7.00 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS 溶媒含有率: 67 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 12 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 1999年11月15日 | |||||||||||||||
放射 | プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 4→50 Å / Num. obs: 5053 / % possible obs: 90.3 % / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 211.4 Å2 / Rsym value: 0.059 / Net I/σ(I): 5.9 | |||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 4→4.1 Å / 冗長度: 1.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Rsym value: 0.541 / % possible all: 59.6 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]()
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 15 Å2 / ksol: 0.25 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 50 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 4→37.46 Å
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拘束条件 |
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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