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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1e7o | ||||||
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タイトル | A-SPECTRIN SH3 DOMAIN A11V, V23L, M25V, V44I, V58L MUTATIONS | ||||||
要素 | SPECTRIN ALPHA CHAIN | ||||||
キーワード | STRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) / SH3-DOMAIN / CYTOSKELETON (細胞骨格) / CALMODULIN-BINDING / ACTIN-BINDING | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 actin filament capping / costamere / cortical actin cytoskeleton / cell projection / actin filament binding / 細胞結合 / actin cytoskeleton organization / calmodulin binding / calcium ion binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | GALLUS GALLUS (ニワトリ) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å | ||||||
データ登録者 | Vega, M.C. / Serrano, L. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003 タイトル: A Thermodynamic and Kinetic Analysis of the Folding Pathway of an SH3 Domain Entropically Stabilised by a Redesigned Hydrophobic Core 著者: Cobos, E.S. / Filimonov, V.V. / Vega, M.C. / Mateo, P.L. / Serrano, L. / Martinez, J.C. #1: ジャーナル: Nature / 年: 1992 タイトル: Crystal Structure of a Src-Homology 3 (SH3) Domain 著者: Musacchio, A. / Noble, M. / Pauptit, R. / Wierenga, R. / Saraste, M. | ||||||
履歴 |
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Remark 650 | HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED. | ||||||
Remark 700 | SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1e7o.cif.gz | 25.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1e7o.ent.gz | 15.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1e7o.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e7/1e7o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e7/1e7o | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1shgS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 7267.313 Da / 分子数: 1 / 断片: SH3-DOMAIN, RESIDUES 965-1025 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) GALLUS GALLUS (ニワトリ) / プラスミド: PBR322 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P07751 |
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#2: 化合物 | ChemComp-GOL / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
構成要素の詳細 | CHAIN A ENGINEERED MUTATION ALA 974 VAL, VAL 986 LEU, MET 988 VAL, VAL 1007 ILE AND VAL 1021 LEU ...CHAIN A ENGINEERED |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.5 % | ||||||||||||
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結晶化 | pH: 6 詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 1.1 M AMMONIUM SULPHATE, 90MM SODIUM CITRATE/CITRIC ACID, PH=6.0, 90 MM BIS-TRIS PROPANE, 0.9 MM EDTA, 0.9 MM DTT, 0.9 MM SODIUM AZIDE, pH 6.00 | ||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法 | ||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: MACSCIENCE M18X / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年5月15日 / 詳細: MIRROR |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.2→12 Å / Num. obs: 1003 / % possible obs: 82.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.134 |
反射 シェル | 解像度: 3.2→3.5 Å / Rmerge(I) obs: 0.138 / % possible all: 77.1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 3 Å / 最低解像度: 10 Å / Num. obs: 1172 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1SHG 解像度: 3.2→8 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 詳細: THE FIRST RESIDUE IN N-TERMINAL WAS NOT SEEN IN THE DENSITY MAPS
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.2→8 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.2→3.34 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Xplor file |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 3 Å / 最低解像度: 10 Å / Num. reflection obs: 1172 / Rfactor Rfree: 0.275 / Rfactor Rwork: 0.2334 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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