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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1dy6 | ||||||
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タイトル | Structure of the imipenem-hydrolyzing beta-lactamase SME-1 | ||||||
要素 | CARBAPENEM-HYDROLYSING BETA-LACTAMASE SME-1 | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / LACTAMASE (Β-ラクタマーゼ) / ANTIBIOTIC (抗生物質) / CARBAPENEM (カルバペネム系抗生物質) / IMIPENEM | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / Β-ラクタマーゼ / response to antibiotic 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | SERRATIA MARCESCENS (霊菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.13 Å | ||||||
データ登録者 | Sougakoff, W. / L'Hermite, G. / Billy, I. / Guillet, V. / Naas, T. / Nordman, P. / Jarlier, V. / Delettre, J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2002 タイトル: Structure of the Imipenem-Hydrolyzing Class a Beta-Lactamase Sme-1 from Serratia Marcescens. 著者: Sougakoff, W. / L'Hermite, G. / Billy, I. / Pernot, L. / Guillet, V. / Naas, T. / Nordmann, P. / Jarlier, V. / Delettre, J. #1: ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 1996 タイトル: Purification, Crystallization, and Preliminary X-Ray Diffraction Analysis of the Carbapenem-Hydrolyzing Class a Beta-Lactamase Sme-1 from Serratia Marcescens 著者: Sougakoff, W. / Jarlier, V. / Delettre, J. / Colloc'H, N. / L'Hermite, G. / Nordmann, P. / Naas, T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1dy6.cif.gz | 121.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1dy6.ent.gz | 93.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1dy6.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dy/1dy6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dy/1dy6 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1bueS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (0.986365, 0.004914, 0.164497), ベクター: 詳細 | BIOLOGICAL UNIT: MONOMER | |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29386.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: APO FORM / 由来: (組換発現) SERRATIA MARCESCENS (霊菌) / 株: S6 / プラスミド: PPTN103 / 遺伝子 (発現宿主): BLASME / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: Q54488, Β-ラクタマーゼ #2: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | SEQUENCE DESCRIBED IN NAAS T., VANDEL L., SOUGAKOFF W., LIVERMORE D.M., NORDMANN P. ANTIMICROB. ...SEQUENCE DESCRIBED IN NAAS T., VANDEL L., SOUGAKOFF W., LIVERMORE D.M., NORDMANN P. ANTIMICROB | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 40 % | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 8.5 詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 17% PEG 4000, 0.2 M AMMONIUM ACETATE, 0.1 M TRIS-HCL, PH 8.5 | ||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 291 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR571 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: ENRAF-NONIUS FAST / 検出器: DIFFRACTOMETER |
放射 | モノクロメーター: NI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.13→20 Å / Num. obs: 24447 / % possible obs: 82 % / 冗長度: 2.3 % / Rsym value: 0.049 |
反射 | *PLUS % possible obs: 82 % / Num. measured all: 55772 / Rmerge(I) obs: 0.049 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.13 Å / 最低解像度: 2.28 Å / % possible obs: 30.1 % / 冗長度: 2.1 % / Num. unique obs: 1601 / Num. measured obs: 3390 / Rmerge(I) obs: 0.216 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: MODIFIED NMC-A BETA-LACTAMASE (1BUE) SOFTWARE USED: AMORE 解像度: 2.13→10 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff low absF: 0.001 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 詳細: A FLAT TWO-LOBE ELECTRON DENSITY IS LOCATED IN A AND IN B BETWEEN SER130, THR235 AND SER237. IT HAS BEEN ASSOCIATED WITH A MODEL OF TWO WATER MOLECULES, 111 AND 186 IN MOLECULE A AND 89 AND 143 IN MOLECULE B.
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原子変位パラメータ | Biso mean: 19.2 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.13→10 Å
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拘束条件 |
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