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- PDB-1du2: SOLUTION STRUCTURE OF THE THETA SUBUNIT OF DNA POLYMERASE III -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1du2
タイトルSOLUTION STRUCTURE OF THE THETA SUBUNIT OF DNA POLYMERASE III
要素DNA POLYMERASE IIIDNA polymerase III holoenzyme
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / DNA polymerase (DNAポリメラーゼ) / Alpha Helix (Αヘリックス)
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA polymerase III, core complex / DNA polymerase III complex / lagging strand elongation / replisome / leading strand elongation / DNA-templated DNA replication / DNAポリメラーゼ / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA binding / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
DNA polymerase III-theta / DNA polymerase III-theta, bacterial / DNA polymerase III-theta superfamily / DNA polymerase III, theta subunit / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA polymerase III subunit theta
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Keniry, M.A. / Berthon, H.A. / Yang, J.-Y. / Miles, C.S. / Dixon, N.E.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2000
タイトル: NMR solution structure of the theta subunit of DNA polymerase III from Escherichia coli.
著者: Keniry, M.A. / Berthon, H.A. / Yang, J.Y. / Miles, C.S. / Dixon, N.E.
履歴
登録2000年1月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年5月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月16日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA POLYMERASE III


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,8611
ポリマ－8,8611
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 400target function
代表モデルモデル #1fewest violations

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要素

#1: タンパク質 DNA POLYMERASE III / DNA polymerase III holoenzyme


分子量: 8861.305 Da / 分子数: 1 / 断片: THETA SUBUNIT / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: PCM869 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ABS8, DNAポリメラーゼ

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 15N-separated NOESY
1213D 15N-separated TOCSY
131HNHA
141HNHB
2523D 13C-separated NOESY
3632D NOESY
NMR実験の詳細Text: The structure was determined by double and triple resonance heteronuclear NMR spectroscopy techniques. There is evidence of substantial conformational exchange in sections of the chain that ...Text: The structure was determined by double and triple resonance heteronuclear NMR spectroscopy techniques. There is evidence of substantial conformational exchange in sections of the chain that severely limit the precision of the structure in these regions of the molecule. Specifically, conformational exchange occurs in the regions D19-M33 and L55-S63.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11 mM Theta subunit U-15N; 10 mM phosphate buffer pH 6.5;90% H2O/10% D2O
21 mM Theta subunit U-15N,13C; 10 mM phosphate buffer, pH 6.590% H2O/10% D2O
31 mM Theta subunit; 10 mM phosphate buffer pH 6.5;100% D2O
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
10.03 6.5 aambient 298 K
20.03 6.5 ambient 298 K
30.03 6.5 ambient 298 K
結晶化
*PLUS
手法: その他 / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA6001
Varian VXRSVarianVXRS5002
Varian INOVAVarianINOVA5003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
VNMR5.2 and 6.1Varian Associatescollection
XEASY1.3.10Bartelsデータ解析
SPSCAN1.0.53Glaser精密化
DYANA1.5Guentert精密化
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: The structures are based on 819 restraints, 511 are NOE-derived distance constraints, 300 dihedral angle restraints and 8 distance restraints from hydrogen bonds
代表構造選択基準: fewest violations
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 400 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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