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- PDB-1dm0: SHIGA TOXIN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1dm0
タイトルSHIGA TOXIN
要素
  • SHIGA TOXIN A SUBUNIT
  • SHIGA TOXIN B SUBUNIT
キーワードTOXIN (毒素) / AB5 STRUCTURE / POLYPEPTIDE A / BLOCKING / ACTIVE SITE (活性部位)
機能・相同性
機能・相同性情報


hemolysis by symbiont of host erythrocytes / RRNA-N-グリコシラーゼ / rRNA N-glycosylase activity / 代謝 / toxin activity / negative regulation of translation / extracellular region
類似検索 - 分子機能
OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #70 / Shiga-like toxin, subunit A / Shiga-like toxin, beta subunit / Shiga-like toxin beta subunit / Ricin (A Subunit), domain 2 / Ricin (A Subunit), domain 2 / Ricin (A subunit); domain 1 / Ricin (A subunit), domain 1 / エンテロトキシン / Ribosome-inactivating protein conserved site ...OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #70 / Shiga-like toxin, subunit A / Shiga-like toxin, beta subunit / Shiga-like toxin beta subunit / Ricin (A Subunit), domain 2 / Ricin (A Subunit), domain 2 / Ricin (A subunit); domain 1 / Ricin (A subunit), domain 1 / エンテロトキシン / Ribosome-inactivating protein conserved site / Shiga/ricin ribosomal inactivating toxins active site signature. / Ribosome-inactivating protein / Ribosome-inactivating protein, subdomain 1 / Ribosome-inactivating protein, subdomain 2 / Ribosome-inactivating protein superfamily / Ribosome inactivating protein / Few Secondary Structures / イレギュラー / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Βバレル / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Shiga toxin subunit B / RRNA-N-グリコシラーゼ / Shiga toxin subunit A
類似検索 - 構成要素
生物種Shigella dysenteriae (志賀赤痢菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Fraser, M.E. / Chernaia, M.M. / Kozlov, Y.V. / James, M.N.
引用
ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1994
タイトル: Crystal structure of the holotoxin from Shigella dysenteriae at 2.5 A resolution.
著者: Fraser, M.E. / Chernaia, M.M. / Kozlov, Y.V. / James, M.N.
#1: ジャーナル: Protein Toxin Structure, Parker, M.W., Ed. / 年: 1996
タイトル: X-ray Crystal Structure of the Shiga Toxin
著者: Fraser, M.E. / Chernaia, M.M. / Kozlov, Y.V. / James, M.N.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993
タイトル: Purification and Crystallization of Shiga Toxin from Shigella dysenteriae
著者: Kozlov, Y.V. / Chernaia, M.M. / Fraser, M.E. / James, M.N.
履歴
登録1999年12月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年12月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification
改定 1.42019年7月24日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.52019年8月14日Group: Data collection / カテゴリ: computing

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SHIGA TOXIN A SUBUNIT
L: SHIGA TOXIN A SUBUNIT
B: SHIGA TOXIN B SUBUNIT
C: SHIGA TOXIN B SUBUNIT
D: SHIGA TOXIN B SUBUNIT
E: SHIGA TOXIN B SUBUNIT
F: SHIGA TOXIN B SUBUNIT
G: SHIGA TOXIN B SUBUNIT
H: SHIGA TOXIN B SUBUNIT
I: SHIGA TOXIN B SUBUNIT
J: SHIGA TOXIN B SUBUNIT
K: SHIGA TOXIN B SUBUNIT


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)140,11012
ポリマ－140,11012
非ポリマー00
水1,11762
1
A: SHIGA TOXIN A SUBUNIT
B: SHIGA TOXIN B SUBUNIT
C: SHIGA TOXIN B SUBUNIT
D: SHIGA TOXIN B SUBUNIT
E: SHIGA TOXIN B SUBUNIT
F: SHIGA TOXIN B SUBUNIT


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,0556
ポリマ－70,0556
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8590 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area23120 Å2
手法PISA
2
L: SHIGA TOXIN A SUBUNIT
G: SHIGA TOXIN B SUBUNIT
H: SHIGA TOXIN B SUBUNIT
I: SHIGA TOXIN B SUBUNIT
J: SHIGA TOXIN B SUBUNIT
K: SHIGA TOXIN B SUBUNIT


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,0556
ポリマ－70,0556
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8470 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area23140 Å2
手法PISA
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area21090 Å2
ΔGint-81 kcal/mol
Surface area42230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)133.050, 147.460, 83.040
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 SHIGA TOXIN A SUBUNIT


分子量: 31561.633 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Shigella dysenteriae (志賀赤痢菌)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HB101
参照: UniProt: Q7BQ99, UniProt: Q9FBI2*PLUS, RRNA-N-グリコシラーゼ
#2: タンパク質
SHIGA TOXIN B SUBUNIT


分子量: 7698.634 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Shigella dysenteriae (志賀赤痢菌)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HB101 / 参照: UniProt: Q7BQ98
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 62 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 4

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.68 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: sodium citrate, ethanol, pH 5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K
結晶化
*PLUS
詳細: Kozlov, Y.Z., (1993) J. Mol. Biol., 232, 704.

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データ収集

回折平均測定温度: 277 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6A / 波長: 1
検出器タイプ: WEISSENBERG / 検出器: DIFFRACTOMETER / 日付: 1992年10月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→10 Å / Num. all: 47612 / Num. obs: 47612 / % possible obs: 83.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 2.5→2.67 Å / Num. unique all: 5446 / % possible all: 53.1
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 53.1 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
TNT精密化
BIOMOLデータ削減
BRUTEモデル構築
MLPHARE位相決定
DEMONモデル構築
X-PLOR精密化
WEISデータスケーリング
WEISデータ削減
BIOMOLデータスケーリング
BRUTE位相決定
DEMON位相決定
精密化解像度: 2.5→10 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: TNT dictionary / 詳細: Refinement with X-PLOR and TNT /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.206 --
obs0.206 47612 83.1 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9476 0 0 62 9538
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2.03
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle20.4
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes0.007
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes0.011
ソフトウェア
*PLUS
名称: 'X-PLOR, TNT' / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg20.4
X-RAY DIFFRACTIONx_plane_restr0.011

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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