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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1deh | ||||||
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タイトル | CRYSTALLIZATION OF HUMAN BETA1 ALCOHOL DEHYDROGENASE (15 MG/ML) IN 50 MM SODIUM PHOSPHATE (PH 7.5), 2.0 MM NAD+ AND 1 MM 4-IODOPYRAZOLE AT 25 OC, 13% (W/V) PEG 8000 | ||||||
要素 | HUMAN BETA1 ALCOHOL DEHYDROGENASE | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / NAD+ DEPENDENT ALCOHOL DEHYDROGENASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 all-trans-retinol dehydrogenase (NAD+) / Ethanol oxidation / alcohol dehydrogenase (NAD+) activity, zinc-dependent / : / all-trans-retinol dehydrogenase (NAD+) activity / retinol metabolic process / retinoic acid metabolic process / retinoid metabolic process / zinc ion binding / 核質 ...all-trans-retinol dehydrogenase (NAD+) / Ethanol oxidation / alcohol dehydrogenase (NAD+) activity, zinc-dependent / : / all-trans-retinol dehydrogenase (NAD+) activity / retinol metabolic process / retinoic acid metabolic process / retinoid metabolic process / zinc ion binding / 核質 / 細胞膜 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Hurley, T.D. / Davis, G.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1996 タイトル: X-ray structure of human beta3beta3 alcohol dehydrogenase. The contribution of ionic interactions to coenzyme binding. 著者: Davis, G.J. / Bosron, W.F. / Stone, C.L. / Owusu-Dekyi, K. / Hurley, T.D. #1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1994 タイトル: Structure of Three Human Beta Alcohol Dehydrogenase Variants: Correlation with Their Functional Properties 著者: Hurley, T.D. / Bosron, W.F. / Stone, C.L. / Amzel, L.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1deh.cif.gz | 160.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1deh.ent.gz | 125.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1deh.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/de/1deh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/de/1deh | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: CIS PROLINE - PRO A 62 / 2: CIS PROLINE - PRO B 62 | ||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (0.0776, 0.9799, -0.1838), ベクター: |
-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 39773.277 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: THE STRUCTURE FOR HOMODIMERIC BETA1 ALCOHOL DEHYDROGENASE WAS SOLVED WITH ONE NAD+ AND ONE 4-IODOPYRAZOLE PER SUBUNIT 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 解説: ADH2 - STANDARD CONVENTION IS TO DENOTE THE POLYMORPHISM WITH A 1 IN SUPERSCRIPT, I.E., ADH2==1==) 遺伝子: HUMAN BETA1 CDNA / 器官: LIVER肝臓 / プラスミド: PKK223-3 / 遺伝子 (発現宿主): HUMAN BETA1 CDNA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P00325, アルコールデヒドロゲナーゼ |
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-非ポリマー , 5種, 323分子
#2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-CL / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.94 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7.5 / 詳細: pH 7.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 波長: 1.54 |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995 / 詳細: 03-27 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.19→46 Å / Num. obs: 34095 / % possible obs: 83 % / Observed criterion σ(I): 0.5 / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.1 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 67571 / Rmerge(I) obs: 0.1 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 2.3 Å / % possible obs: 70 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.2→8 Å / σ(F): 1
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原子変位パラメータ | Biso mean: 29.55 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.21 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→8 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor Rfree: 0.26 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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