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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1d3y | ||||||
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タイトル | STRUCTURE OF THE DNA TOPOISOMERASE VI A SUBUNIT | ||||||
要素 | DNA TOPOISOMERASE VI A SUBUNIT | ||||||
キーワード | ISOMERASE (異性化酵素) / TOPOISOMERASE VI (DNAトポイソメラーゼ) / DNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / SPO11 HOMOLOG | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 DNA endonuclease activity, producing 3'-phosphomonoesters / : / DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) activity / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / DNA unwinding involved in DNA replication / DNA topological change / 染色体 / magnesium ion binding / DNA binding / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Nichols, M.D. / DeAngelis, K.A. / Keck, J.L. / Berger, J.M. | ||||||
引用 | ジャーナル: EMBO J. / 年: 1999 タイトル: Structure and function of an archaeal topoisomerase VI subunit with homology to the meiotic recombination factor Spo11. 著者: Nichols, M.D. / DeAngelis, K. / Keck, J.L. / Berger, J.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1d3y.cif.gz | 131.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1d3y.ent.gz | 102.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1d3y.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d3/1d3y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d3/1d3y | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34098.785 Da / 分子数: 2 / 断片: DNA BINDING CORE / 変異: DELETED NONCONSERVED N-TERMINAL RESIDUES 1-69 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌) プラスミド: PET24B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: TOP6A_METJA, UniProt: Q57815*PLUS, EC: 5.99.1.3 #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.9 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.1 詳細: PEG 8000, MPD, NA-CACODYLATE, MGCL2, NACL, pH 6.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / pH: 8.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.54 |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→20 Å / Num. all: 45432 / Num. obs: 43773 / % possible obs: 96.5 % / 冗長度: 8.8 % / Biso Wilson estimate: 19.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.036 / Net I/σ(I): 17.8 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / Rmerge(I) obs: 0.131 / % possible all: 93.6 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 93.6 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2→20 Å / σ(F): 0 /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: REFMAC / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 8 % / Rfactor obs: 0.197 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: p_bond_d / Dev ideal: 0.006 |