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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1czw | ||||||
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タイトル | STRUCTURE OF THE W34A MUTANT OF SHIGA-LIKE TOXIN I B SUBUNIT | ||||||
要素 | SHIGA TOXIN B-CHAIN | ||||||
キーワード | TOXIN (毒素) / BACTERIAL TOXIN / SUGAR RECEPTOR BINDING DOMAIN / PROTEIN-CARBOHYDRATE RECOGNITION / OB-FOLD | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 modulation of host virulence by virus / hemolysis by symbiont of host erythrocytes / toxin activity / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Phage h30 (ファージ) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Ling, H. / Boodhoo, A. / Brunton, J.L. / Read, R.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: A native structure of the W34A mutant at 2.5 A 著者: Ling, H. / Boodhoo, A. / Brunton, J.L. / Read, R.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1czw.cif.gz | 138.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1czw.ent.gz | 115.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1czw.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cz/1czw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cz/1czw | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 7583.501 Da / 分子数: 10 / 断片: SHIGA-LIKE TOXIN I BINDING DOMAIN / 変異: W34A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Phage h30 (ファージ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P69178, UniProt: P69179*PLUS #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.46 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 15% PEG 4000 0.2 M MGCL2 5% DIOXANE, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: SIEMENS / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1995年4月22日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→48.6 Å / Num. all: 24009 / Num. obs: 23240 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 38.53 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.127 / Net I/σ(I): 11.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.54 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.365 / % possible all: 53.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.5→48.6 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER / 詳細: MAXIMUM LIKELIHOOD F TARGET, WITH NCS RESTRAINTS
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原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→48.6 Å
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拘束条件 |
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