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- PDB-1cw4: CRYSTAL STRUCTURE OF K230M ISOCITRATE DEHYDROGENASE IN COMPLEX WI... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1cw4
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF K230M ISOCITRATE DEHYDROGENASE IN COMPLEX WITH ALPHA-KETOGLUTARATE
要素ISOCITRATE DEHYDROGENASEイソクエン酸デヒドロゲナーゼ
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / Isocitrate Dehydrogenase (イソクエン酸デヒドロゲナーゼ) / mutant (ミュータント (人類))
機能・相同性
機能・相同性情報


イソクエン酸デヒドロゲナーゼ / isocitrate dehydrogenase (NADP+) activity / グリオキシル酸回路 / guanosine tetraphosphate binding / クエン酸回路 / 電子伝達系 / NAD binding / response to oxidative stress / magnesium ion binding / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Isocitrate dehydrogenase NADP-dependent, dimeric, prokaryotic / Isopropylmalate Dehydrogenase / Isopropylmalate Dehydrogenase / Isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase, conserved site / Isocitrate and isopropylmalate dehydrogenases signature. / Isopropylmalate dehydrogenase-like domain / Isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase / Isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-OXOGLUTARIC ACID / : / Isocitrate dehydrogenase [NADP]
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Stroud, M.R. / Finer-Moore, J.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000
タイトル: Active site water molecules revealed in the 2.1 A resolution structure of a site-directed mutant of isocitrate dehydrogenase.
著者: Cherbavaz, D.B. / Lee, M.E. / Stroud, R.M. / Koshland Jr., D.E.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1995
タイトル: Mutational Analysis of the Catalytic Residues Lysine 230 and Tyrosine 160 in the NADP+ Dependent Isocitrate dehydrogenase from Escherichia coli
著者: Lee, M.E. / Dyer, D.H. / Klein, O.D. / Stoddard, B.L. / Koshland Jr., D.E.
#2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1991
タイトル: Catalytic Mechanism of NADP+-dependent Isocitrate Dehydrogenase: Implications from the Structures of Magnesium-isocitrate and NADP+ complexes
著者: Hurley, J.H. / Dean, A.M. / Koshland Jr., D.E. / Stroud, R.M.
履歴
登録1999年8月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年9月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ISOCITRATE DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,1094
ポリマ－45,8121
非ポリマー2973
水6,017334
1
A: ISOCITRATE DEHYDROGENASE
ヘテロ分子

A: ISOCITRATE DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,2178
ポリマ－91,6232
非ポリマー5946
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area8220 Å2
ΔGint-82 kcal/mol
Surface area30520 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)102.800, 102.800, 150.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
詳細The biological assembly is a dimer constructed from chain A by the crystallographic symmetry operation (Y,X,-Z)

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要素

#1: タンパク質 ISOCITRATE DEHYDROGENASE / イソクエン酸デヒドロゲナーゼ


分子量: 45811.578 Da / 分子数: 1 / 変異: K230M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
解説: VARIANT OF E. COLI STRAIN JLK1 WITH NO WILD- TYPE ISOCITRATE DEHYDROGENASE GENE
プラスミド: PTK513 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P08200, イソクエン酸デヒドロゲナーゼ
#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-AKG / 2-OXOGLUTARIC ACID / α-ケトグルタル酸 / Α-ケトグルタル酸


分子量: 146.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H6O5
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 334 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.57 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.8
詳細: AMMONIUM SULFATE, DTT, NAN3, MN-ALPHA-KETOGLUTARATE, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
138-55 %satammonium sulfate1reservoir
21 mMdithiothreitol1reservoir
30.02 %(v/v)1reservoirNaN3
41 mMmeta-ligand solution1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.08
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.08 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→100 Å / Num. all: 41038 / Num. obs: 40761 / % possible obs: 90.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 16 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 10.6
反射
*PLUS
Num. obs: 41038 / Num. measured all: 187148

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR3.1精密化
DENZOデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 2.1→5 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 3080652.08 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.226 3899 10 %RANDOM
Rwork0.184 ---
all0.184 407 --
obs0.184 38798 88.4 %-
原子変位パラメータBiso mean: 17.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.31 Å20 Å20 Å2
2--1.31 Å20 Å2
3----2.61 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.26 Å0.21 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.14 Å0.17 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3174 0 16 334 3524
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d23.7
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.3
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.22 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.238 678 10.5 %
Rwork0.217 5779 -
obs--89.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARAM11.WATTOPO.AKG
X-RAY DIFFRACTION3PARAM.AKGTOPO.SO4
X-RAY DIFFRACTION4PARAM.SO4TOPH11.WAT
X-RAY DIFFRACTION5PARAM19.ION
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Num. reflection obs: 40761 / Rfactor Rfree: 0.229 / Rfactor Rwork: 0.187
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg23.7
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.3
LS精密化 シェル
*PLUS
最低解像度: 2.19 Å / Rfactor Rwork: 0.219

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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