PDB-1cqf: THE COMPLEX OF THE MUTATED SHIGA TOXIN B SUBUNIT AND GB3 TRISACCHARIDE

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1cqf

タイトル

THE COMPLEX OF THE MUTATED SHIGA TOXIN B SUBUNIT AND GB3 TRISACCHARIDE

要素

SHIGA TOXIN B-CHAIN

キーワード

TOXIN (毒素) /

BACTERIAL TOXIN / SUGAR RECEPTOR BINDING DOMAIN / PROTEIN-CARBOHYDRATE RECOGNITION / OB-FOLD

機能・相同性

機能・相同性情報

modulation of host virulence by virus / hemolysis by symbiont of host erythrocytes /

toxin activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Ling, H. / Bast, D. / Brunton, J.L. / Read, R.J.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: The Complex of the Mutated Shiga Toxin B Subunit and Gb3 Trisaccharide
著者: Ling, H. / Bast, D. / Brunton, J.L. / Read, R.J.

履歴

登録	1999年8月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2000年8月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2018年4月4日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2021年11月3日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1cqf.cif.gz	81.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1cqf.ent.gz	66.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1cqf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cq/1cqf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cq/1cqf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1bos
類似構造データ	2xsc-d 5aao-6 5aao-1 2z01-d 5aao-3 5aao-5 5aao-4 3rer-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#69 - 2005年9月コレラ毒素 (Cholera Toxin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: SHIGA TOXIN B-CHAIN

B: SHIGA TOXIN B-CHAIN

C: SHIGA TOXIN B-CHAIN

D: SHIGA TOXIN B-CHAIN

E: SHIGA TOXIN B-CHAIN

ヘテロ分子

41.7 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	62.785, 73.561, 83.853
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質

SHIGA TOXIN B-CHAIN

分子量: 7742.686 Da / 分子数: 5 / 断片: SHIGA-LIKE TOXIN I BINDING DOMAIN / 変異: G62T / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: COMPLEXED WITH TRISACCHARIDE OF GLYCOLIPID GB3 / 由来: (組換発現)

Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P08027, UniProt: P69179*PLUS

#2: 多糖

alpha-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide

オリゴ糖 / 分子量: 504.438 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGalpa1-4DGalpb1-4DGlcpb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/3,3,2/[a2122h-1b_1-5][a2112h-1b_1-5][a2112h-1a_1-5]/1-2-3/a4-b1_b4-c1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Galp]{[(4+1)][a-D-Galp]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 水

ChemComp-HOH / water /

水

分子量: 18.015 Da / 分子数: 114 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.81 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.2 M CaCl2, 26% PEG 400, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 298 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器	タイプ: MACSCIENCE / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年11月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→19.8 Å / Num. all: 20327 / Num. obs: 18719 / % possible obs: 92.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.5 % / B_iso Wilson estimate: 15.3 Å² / R_merge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 16.76
反射シェル	解像度: 2.2→2.23 Å / 冗長度: 1.3 % / R_merge(I) obs: 0.228 / Num. unique all: 773 / % possible all: 75.7

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
DENZO	データ削減
SCALEPACK	データスケーリング
AMoRE	位相決定
CNS	精密化

精密化

解像度: 2.2→19.8 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: through maximum likelihood F target, with NCS restraints.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2	1040	5.1 %	thin shells through whole resolution range
R_work	0.181	-	-	-
all	0.181	20327	-	-
obs	0.181	18719	92.1 %	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→19.8 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2715	0	204	114	3033

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.007
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.04

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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