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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1cpr | ||||||
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タイトル | ST. LOUIS CYTOCHROME C' FROM THE PURPLE PHOTOTROPIC BACTERIUM, RHODOBACTER CAPSULATUS | ||||||
要素 | CYTOCHROME C' | ||||||
キーワード | ELECTRON TRANSPORT (電子伝達系) / HEME PROTEIN / CYTOCHROME (シトクロム) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Rhodobacter capsulatus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Tahirov, T.H. / Misaki, S. / Meyer, T.E. / Cusanovich, M.A. / Yasuoka, N. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1997 タイトル: Structure of cytochrome c' from Rhodobacter capsulatus strain St Louis: an unusual molecular association induced by bridging Zn ions. 著者: Tahirov, T.H. / Misaki, S. / Meyer, T.E. / Cusanovich, M.A. / Higuchi, Y. / Yasuoka, N. #1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1996 タイトル: High-Resolution Crystal Structures of Two Polymorphs of Cytochrome C' from the Purple Phototrophic Bacterium Rhodobacter Capsulatus 著者: Tahirov, T.H. / Misaki, S. / Meyer, T.E. / Cusanovich, M.A. / Higuchi, Y. / Yasuoka, N. #2: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1996 タイトル: Concerted Movement of Side Chains in the Haem Vicinity Observed on Ligand Binding in Cytochrome C' from Rhodobacter Capsulatus 著者: Tahirov, T.H. / Misaki, S. / Meyer, T.E. / Cusanovich, M.A. / Higuchi, Y. / Yasuoka, N. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1cpr.cif.gz | 32.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1cpr.ent.gz | 25.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1cpr.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cp/1cpr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cp/1cpr | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13140.707 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rhodobacter capsulatus (バクテリア) / 株: ST. LOUIS / 参照: UniProt: P00147 | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 化合物 | ChemComp-HEM / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 51 % | |||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 6.5 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 | |||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6A / 波長: 1 |
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検出器 | タイプ: FUJI / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年12月19日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | Num. obs: 6988 / % possible obs: 85.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.88 % / Rmerge(I) obs: 0.08 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.1 Å / 最低解像度: 30 Å / Num. measured all: 27125 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.1 Å / 最低解像度: 2.18 Å / % possible obs: 66.4 % / Rmerge(I) obs: 0.19 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.1→6 Å / σ(F): 2 /
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原子変位パラメータ | Biso mean: 21.99 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→6 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 2.1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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