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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1cn3 | ||||||
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タイトル | INTERACTION OF POLYOMAVIRUS INTERNAL PROTEIN VP2 WITH MAJOR CAPSID PROTEIN VP1 AND IMPLICATIONS FOR PARTICIPATION OF VP2 IN VIRAL ENTRY | ||||||
要素 |
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キーワード | VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / VIRAL COAT PROTEIN VP1 (エンベロープ (ウイルス)) / VIRAL COAT PROTEIN VP2 (エンベロープ (ウイルス)) / VIRAL ENTRY (ウイルス侵入) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 caveolin-mediated endocytosis of virus by host cell / T=7 icosahedral viral capsid / viral penetration into host nucleus / カプシド / membrane => GO:0016020 / host cell endoplasmic reticulum membrane / symbiont entry into host cell / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / DNA binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Polyomavirus (ポリオーマウイルス科) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Chen, X. / Stehle, T. / Harrison, S.C. | ||||||
引用 | ジャーナル: EMBO J. / 年: 1998 タイトル: Interaction of polyomavirus internal protein VP2 with the major capsid protein VP1 and implications for participation of VP2 in viral entry. 著者: Chen, X.S. / Stehle, T. / Harrison, S.C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1cn3.cif.gz | 275.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1cn3.ent.gz | 228.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1cn3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cn/1cn3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cn/1cn3 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31501.611 Da / 分子数: 5 / 断片: RESIDUES 35-317 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Polyomavirus (ポリオーマウイルス科) 属: Polyomavirusポリオーマウイルス科 / 発現宿主: Erinaceus europaeus (ナミハリネズミ) / 参照: UniProt: P49302 #2: タンパク質・ペプチド | | 分子量: 2797.157 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 279-297 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: sequence from COAT PROTEIN VP2 / 参照: UniProt: P12908 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.21 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 4 / 詳細: pH 4.0 | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 8.4 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 300 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.98 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→25 Å / Num. obs: 25000 / % possible obs: 95 % / Observed criterion σ(I): 1.5 / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Rsym value: 0.15 |
-解析
ソフトウェア | 名称: X-PLOR / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.5
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→20 Å
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拘束条件 |
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