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万見
- PDB-1cmo: IMMUNOGLOBULIN MOTIF DNA-RECOGNITION AND HETERODIMERIZATION FOR T... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1cmo
タイトルIMMUNOGLOBULIN MOTIF DNA-RECOGNITION AND HETERODIMERIZATION FOR THE PEBP2/CBF RUNT-DOMAIN
要素POLYOMAVIRUS ENHANCER BINDING PROTEIN 2
キーワードTRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / TRANSCRIPTION FACTOR (転写因子) / HEMATOPOIESIS / OSTEOGENESIS (骨芽細胞) / IG-FOLD
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of connective tissue replacement / peripheral nervous system neuron development / positive regulation of granulocyte differentiation / RUNX1 regulates transcription of genes involved in BCR signaling / Organic cation transport / RUNX1 regulates transcription of genes involved in interleukin signaling / core-binding factor complex / RUNX1 regulates expression of components of tight junctions / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell differentiation / regulation of cardiac muscle cell proliferation ...regulation of connective tissue replacement / peripheral nervous system neuron development / positive regulation of granulocyte differentiation / RUNX1 regulates transcription of genes involved in BCR signaling / Organic cation transport / RUNX1 regulates transcription of genes involved in interleukin signaling / core-binding factor complex / RUNX1 regulates expression of components of tight junctions / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell differentiation / regulation of cardiac muscle cell proliferation / cardiac muscle tissue regeneration / myeloid leukocyte differentiation / negative regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell differentiation / negative regulation of granulocyte differentiation / RUNX1 and FOXP3 control the development of regulatory T lymphocytes (Tregs) / positive regulation of extracellular matrix organization / RUNX2 regulates genes involved in differentiation of myeloid cells / regulation of plasminogen activation / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of keratinocytes / myeloid cell differentiation / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of myeloid cells / Regulation of RUNX1 Expression and Activity / hematopoietic stem cell proliferation / RUNX1 regulates transcription of genes involved in WNT signaling / RUNX1 regulates estrogen receptor mediated transcription / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known / regulation of cell differentiation / RUNX3 regulates p14-ARF / 造血 / positive regulation of collagen biosynthetic process / chondrocyte differentiation / positive regulation of interleukin-2 production / 骨化 / transcription corepressor binding / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / transcription coactivator binding / neuron differentiation / Pre-NOTCH Transcription and Translation / Transcriptional regulation of granulopoiesis / positive regulation of angiogenesis / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor binding / Estrogen-dependent gene expression / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / protein heterodimerization activity / intracellular membrane-bounded organelle / calcium ion binding / クロマチン / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / 核質 / ATP binding / 細胞核
類似検索 - 分子機能
Runx, central domain superfamily / Acute myeloid leukemia 1 protein (AML1)/Runt / Runt domain / Runx, C-terminal domain / Runt-related transcription factor RUNX / Runt domain / Runx inhibition domain / Runt domain profile. / Immunoglobulin-like - #720 / p53/RUNT-type transcription factor, DNA-binding domain superfamily ...Runx, central domain superfamily / Acute myeloid leukemia 1 protein (AML1)/Runt / Runt domain / Runx, C-terminal domain / Runt-related transcription factor RUNX / Runt domain / Runx inhibition domain / Runt domain profile. / Immunoglobulin-like - #720 / p53/RUNT-type transcription factor, DNA-binding domain superfamily / p53-like transcription factor, DNA-binding / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Runt-related transcription factor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / HYBRID DISTANCE GEOMETRY, SIMULATED ANNEALING
データ登録者Nagata, T. / Gupta, V. / Sorce, D. / Kim, W.Y. / Sali, A. / Chait, B.T. / Shigesada, K. / Ito, Y. / Werner, M.H.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1999
タイトル: Immunoglobulin motif DNA recognition and heterodimerization of the PEBP2/CBF Runt domain.
著者: Nagata, T. / Gupta, V. / Sorce, D. / Kim, W.Y. / Sali, A. / Chait, B.T. / Shigesada, K. / Ito, Y. / Werner, M.H.
履歴
登録1999年5月11日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年1月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: POLYOMAVIRUS ENHANCER BINDING PROTEIN 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,0091
ポリマ－14,0091
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)43 / 300structures with the least restraint violations
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 POLYOMAVIRUS ENHANCER BINDING PROTEIN 2 / ACUTE MYELOID LEUKEMIA 1 PROTEIN / AML1/OSF2 / PEBP2-ALPHA B


分子量: 14008.942 Da / 分子数: 1 / 断片: CORE-BINDING FACTOR ALPHA B SUBUNIT, RUNT DOMAIN / 変異: C81S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PQE9 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 細胞内の位置 (発現宿主): CYTOPLASM / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q01196

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験タイプ: ALL STANDARD
NMR実験の詳細Text: ALL STANDARD

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試料調製

詳細内容: 96% H2O/4% D2O
試料状態イオン強度: 10mM / pH: 6.8 / 圧: 1 atm / 温度: 310 K
結晶化
*PLUS
手法: その他 / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DMX500BrukerDMX5005001
Bruker DMX600BrukerDMX6006002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRPipe構造決定
PIPP構造決定
STAPP構造決定
X-PLORBRUNGER構造決定
X-PLOR3.843BRUNGER精密化
精密化手法: HYBRID DISTANCE GEOMETRY, SIMULATED ANNEALING / ソフトェア番号: 1
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 300 / 登録したコンフォーマーの数: 43

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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