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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1cj3 | ||||||
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タイトル | MUTANT TYR38GLU OF PARA-HYDROXYBENZOATE HYDROXYLASE | ||||||
![]() | PROTEIN (P-HYDROXYBENZOATE HYDROXYLASE) | ||||||
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機能・相同性 | ![]() 4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase (NADPH) activity / ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Eppink, M.H.M. / Overkamp, K.M. / Schreuder, H.A. / Van Berkel, W.J.H. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Switch of coenzyme specificity of p-hydroxybenzoate hydroxylase. 著者: Eppink, M.H. / Overkamp, K.M. / Schreuder, H.A. / Van Berkel, W.J. #1: ![]() タイトル: Crystal structure of p-hydroxybenzoate hydroxylase reconstituted with the modified FAD present in alcohol oxidase from methylotrophic yeasts: evidence for an arabinoflavin. 著者: van Berkel, W.J. / Eppink, M.H. / Schreuder, H.A. #2: ![]() タイトル: Crystal structures of wild-type p-hydroxybenzoate hydroxylase complexed with 4-aminobenzoate,2,4-dihydroxybenzoate, and 2-hydroxy-4-aminobenzoate and of the Tyr222Ala mutant complexed ...タイトル: Crystal structures of wild-type p-hydroxybenzoate hydroxylase complexed with 4-aminobenzoate,2,4-dihydroxybenzoate, and 2-hydroxy-4-aminobenzoate and of the Tyr222Ala mutant complexed with 2-hydroxy-4-aminobenzoate. Evidence for a proton channel and a new binding mode of the flavin ring. 著者: Schreuder, H.A. / Mattevi, A. / Obmolova, G. / Kalk, K.H. / Hol, W.G. / van der Bolt, F.J. / van Berkel, W.J. #3: ジャーナル: Proteins / 年: 1992 タイトル: Crystal structure of the reduced form of p-hydroxybenzoate hydroxylase refined at 2.3 A resolution. 著者: Schreuder, H.A. / van der Laan, J.M. / Swarte, M.B. / Kalk, K.H. / Hol, W.G. / Drenth, J. #4: ジャーナル: Febs Lett. / 年: 1990 タイトル: Engineering of microheterogeneity-resistant p-hydroxybenzoate hydroxylase from Pseudomonas fluorescens. 著者: Eschrich, K. / van Berkel, W.J. / Westphal, A.H. / de Kok, A. / Mattevi, A. / Obmolova, G. / Kalk, K.H. / Hol, W.G. #5: ![]() タイトル: Crystal structure of the p-hydroxybenzoate hydroxylase-substrate complex refined at 1.9 A resolution. Analysis of the enzyme-substrate and enzyme-product complexes. 著者: Schreuder, H.A. / Prick, P.A. / Wierenga, R.K. / Vriend, G. / Wilson, K.S. / Hol, W.G. / Drenth, J. #6: ![]() タイトル: The coenzyme analogue adenosine 5-diphosphoribose displaces FAD in the active site of p-hydroxybenzoate hydroxylase. An x-ray crystallographic investigation. 著者: van der Laan, J.M. / Schreuder, H.A. / Swarte, M.B. / Wierenga, R.K. / Kalk, K.H. / Hol, W.G. / Drenth, J. #7: ![]() タイトル: Crystal structure of p-hydroxybenzoate hydroxylase complexed with its reaction product 3,4-dihydroxybenzoate. 著者: Schreuder, H.A. / van der Laan, J.M. / Hol, W.G. / Drenth, J. #8: ![]() タイトル: Crystal Structure of P-Hydroxybenzoate Hydroxylase 著者: Wierenga, R.K. / De Jong, R.J. / Kalk, K.H. / Hol, W.G.J. / Drenth, J. #9: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1975 タイトル: Crystallization and preliminary x-ray investigation of p-hydroxybenzoate hydroxylase from Pseudomonas fluorescens. 著者: Drenth, J. / Hol, W.G. / Wierenga, R.K. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 101.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 75.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 44088.180 Da / 分子数: 1 / 変異: Y38E / 由来タイプ: 組換発現 詳細: COMPLEXED WITH FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE, P-HYDROXYBENZOIC ACID 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P00438, ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-FAD / ![]() |
#3: 化合物 | ChemComp-PHB / ![]() |
#4: 水 | ChemComp-HOH / ![]() |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化![]() | pH: 7 詳細: 39% AMMONIUM SULFATE, 100 MM SODIUM PHOSPHATE, 0.04 MM FAD, 0.15 MM EDTA, 60 MM SODIUM SULFITE, 1 MM P-HYDROXYBENZOATE, pH 7.0 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1998年11月10日 / 詳細: COLLIMATOR |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 2.5→8 Å / Num. all: 15924 / Num. obs: 15924 / % possible obs: 92.1 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.5 % / Rsym value: 5.5 / Net I/σ(I): 12 |
反射 | *PLUS Num. obs: 15924 / % possible obs: 92.1 % / Rmerge(I) obs: 0.055 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: 1PBE 解像度: 2.5→8 Å / Data cutoff high absF: 1000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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原子変位パラメータ | Biso mean: 25.1 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.23 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→8 Å
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拘束条件 |
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor Rwork![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 25.1 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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