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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1cgp | ||||||
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タイトル | CATABOLITE GENE ACTIVATOR PROTEIN (CAP)/DNA COMPLEX + ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSCRIPTION/DNA / PROTEIN-DNA COMPLEX (デオキシリボ核酸) / DOUBLE HELIX / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 carbon catabolite repression of transcription / DNA binding, bending / minor groove of adenine-thymine-rich DNA binding / cAMP binding / デオキシリボ核酸 / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription ...carbon catabolite repression of transcription / DNA binding, bending / minor groove of adenine-thymine-rich DNA binding / cAMP binding / デオキシリボ核酸 / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / identical protein binding / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 3 Å | ||||||
データ登録者 | Schultz, S.C. / Shields, G.C. / Steitz, T.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 1991 タイトル: Crystal structure of a CAP-DNA complex: the DNA is bent by 90 degrees. 著者: Schultz, S.C. / Shields, G.C. / Steitz, T.A. #1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1989 タイトル: Crystal Structure of a cAMP-Independent Form of Catabolite Gene Activator Protein with Adenosine Substituted in One of Two cAMP-Binding Sites 著者: Vaney, M.-C. / Gilliland, G.L. / Harman, J.G. / Peterkofsky, A. / Weber, I.T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1cgp.cif.gz | 146.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1cgp.ent.gz | 109.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1cgp.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cg/1cgp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cg/1cgp | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 5588.654 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #2: DNA鎖 | 分子量: 3917.559 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #3: タンパク質 | 分子量: 23062.719 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ACJ8 #4: 化合物 | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.51 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: pH 5.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶化 | *PLUS 手法: その他 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 |
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検出器 | タイプ: SDMS / 検出器: AREA DETECTOR |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
-解析
ソフトウェア | 名称: X-PLOR / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 解像度: 3→8 Å / Rfactor Rwork: 0.235 / σ(F): 2 詳細: HIS A 159 - PRO A 160 OMEGA ANGLE = 215.267 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3→8 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS σ(F): 2 / Rfactor Rwork: 0.235 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: x_angle_d / Dev ideal: 3.4 |