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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1cf3 | |||||||||
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タイトル | GLUCOSE OXIDASE FROM APERGILLUS NIGER | |||||||||
要素 | PROTEIN (GLUCOSE OXIDASE) | |||||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE(FLAVOPROTEIN) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 グルコースオキシダーゼ / glucose oxidase activity / flavin adenine dinucleotide binding / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Aspergillus niger (黒麹菌) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Hecht, H.J. / Kalisz, H. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1999 タイトル: 1.8 and 1.9 A resolution structures of the Penicillium amagasakiense and Aspergillus niger glucose oxidases as a basis for modelling substrate complexes. 著者: Wohlfahrt, G. / Witt, S. / Hendle, J. / Schomburg, D. / Kalisz, H.M. / Hecht, H.J. #1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993 タイトル: Crystal structure of glucose oxidase from Aspergillus niger refined at 2.3 A resolution. 著者: Hecht, H.J. / Kalisz, H.M. / Hendle, J. / Schmid, R.D. / Schomburg, D. #2: ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 1991 タイトル: Effects of carbohydrate depletion on the structure, stability and activity of glucose oxidase from Aspergillus niger. 著者: Kalisz, H.M. / Hecht, H.J. / Schomburg, D. / Schmid, R.D. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1cf3.cif.gz | 136.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1cf3.ent.gz | 103.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1cf3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cf/1cf3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cf/1cf3 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 63329.020 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Aspergillus niger (黒麹菌) / 参照: UniProt: P13006, グルコースオキシダーゼ | ||||
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#2: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | ||||
#3: 糖 | #4: 化合物 | ChemComp-FAD / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.2 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 5.6 / 詳細: pH 5.6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Kalisz, H.M., (1990) J.Mol.Biol., 213, 207. / PH range low: 5.6 / PH range high: 5.3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 290 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: MPG/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW6 / 波長: 1 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→20 Å / Num. obs: 40401 / % possible obs: 87.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.5 % / Biso Wilson estimate: 20.24 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 21.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.99 Å / 冗長度: 1.5 % / Rmerge(I) obs: 0.122 / Mean I/σ(I) obs: 6.9 / % possible all: 78.7 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 1.9 Å / % possible obs: 78.7 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1GAL 解像度: 1.9→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.2
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原子変位パラメータ | Biso mean: 24.22 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→20 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: REFMAC / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / Rfactor obs: 0.19 / Rfactor Rfree: 0.243 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS 最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 1.99 Å / Rfactor Rfree: 0.329 / Rfactor obs: 0.242 |