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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1cdo | ||||||
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タイトル | ALCOHOL DEHYDROGENASE (E.C.1.1.1.1) (EE ISOZYME) COMPLEXED WITH NICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE (NAD), AND ZINC | ||||||
要素 | ALCOHOL DEHYDROGENASEアルコールデヒドロゲナーゼ | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (CH-OH(D)-NAD(A)) / OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Gadus callarias (タイセイヨウマダラ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.05 Å | ||||||
データ登録者 | Eklund, H. | ||||||
引用 | ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1996 タイトル: Crystal structure of cod liver class I alcohol dehydrogenase: substrate pocket and structurally variable segments. 著者: Ramaswamy, S. / el Ahmad, M. / Danielsson, O. / Jornvall, H. / Eklund, H. #1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1994 タイトル: Structures of Horse Liver Alcohol Dehydrogenase Complexed with Nad+ and Substituted Benzyl Alcohols 著者: Ramaswamy, S. / Eklund, H. / Plapp, B.V. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1cdo.cif.gz | 165.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1cdo.ent.gz | 129.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1cdo.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cd/1cdo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cd/1cdo | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: CIS PROLINE - PRO A 63 / 2: CIS PROLINE - PRO B 63 |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 40049.387 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Gadus callarias (タイセイヨウマダラ) 器官: LIVER肝臓 参照: UniProt: P26325, アルコールデヒドロゲナーゼ #2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.3 % | |||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 6.9 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | |||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.89 |
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検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1994年5月1日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.89 Å / 相対比: 1 |
反射 | Num. obs: 39749 / % possible obs: 86.9 % / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.12 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.05 Å / Num. measured all: 83875 / Rmerge(I) obs: 0.12 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.05 Å / 最低解像度: 2.08 Å / % possible obs: 73.7 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.05→7 Å / σ(F): 0 /
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原子変位パラメータ | Biso mean: 11.4 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.05→7 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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