+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1c5i | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | HYDROGEN BONDING AND CATALYSIS: AN UNEXPECTED EXPLANATION FOR HOW A SINGLE AMINO ACID SUBSTITUTION CAN CHANGE THE PH OPTIMUM OF A GLYCOSIDASE | |||||||||
要素 | ENDO-1,4-BETA-XYLANASEキシラナーゼ | |||||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / GLYCOSIDASE / PH-DEPENDENT ENZYME MECHANISM / GENERAL ACID/ BASE CATALYSIS / ISOTOPE SHIFT / SHORT HYDROGEN BONDS / XYLAN (キシラン) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Bacillus circulans (バクテリア) | |||||||||
手法 | X線回折 / その他 / 解像度: 1.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Joshi, M.D. / Sidhu, G. / Pot, I. / Brayer, G.D. / Withers, S.G. / Mcintosh, L.P. | |||||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000 タイトル: Hydrogen bonding and catalysis: a novel explanation for how a single amino acid substitution can change the pH optimum of a glycosidase. 著者: Joshi, M.D. / Sidhu, G. / Pot, I. / Brayer, G.D. / Withers, S.G. / McIntosh, L.P. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1c5i.cif.gz | 51.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1c5i.ent.gz | 36 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1c5i.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c5/1c5i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c5/1c5i | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20409.988 Da / 分子数: 1 / 断片: CATALYTIC DOMAIN / 変異: N35D / 由来タイプ: 組換発現 詳細: 2-DEOXY-2-FLUORO-XYLOBIOSE COVALENTLY BONDED TO GLU 78 OE2 由来: (組換発現) Bacillus circulans (バクテリア) / プラスミド: PCW / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P09850, キシラナーゼ |
---|---|
#2: 多糖 | beta-D-xylopyranose-(1-4)-1,5-anhydro-2-deoxy-2-fluoro-D-xylitol |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.86 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | pH: 7.5 / 詳細: pH 7.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Sidhu, G., (1999) J. Mol. Biol., 38, 5346. | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
---|---|
放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 17579 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 25.8 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 9999 Å / Num. measured all: 99311 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 1.86 Å / Rmerge(I) obs: 0.142 / Mean I/σ(I) obs: 11.1 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: その他 / 解像度: 1.8→10 Å / σ(F): 0 /
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→10 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 10 Å / σ(F): 0 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |