PDB-1c0k: CRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS OF D-AMINO ACID OXIDASE IN COMPLEX WIT...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1c0k

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS OF D-AMINO ACID OXIDASE IN COMPLEX WITH L-LACTATE

要素

PROTEIN (D-AMINO ACID OXIDASE)

キーワード

OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / FLAVIN CONTAINING PROTEIN / ALPHA-BETA-ALPHA MOTIF

機能・相同性

機能・相同性情報

D-amino acid metabolic process /

D-アミノ酸オキシダーゼ /

D-amino-acid oxidase activity / nitrogen utilization / FAD binding /

ペルオキシソーム
類似検索 - 分子機能

生物種

Rhodosporidium toruloides (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.46 Å

データ登録者

Umhau, S. / Molla, G. / Diederichs, K. / Pilone, M.S. / Ghisla, S. / Welte, W. / Pollegioni, L.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2000
タイトル: The x-ray structure of D-amino acid oxidase at very high resolution identifies the chemical mechanism of flavin-dependent substrate dehydrogenation.
著者: Umhau, S. / Pollegioni, L. / Molla, G. / Diederichs, K. / Welte, W. / Pilone, M.S. / Ghisla, S.

履歴

登録	1999年7月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2000年11月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2017年10月4日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 2.0	2023年11月15日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_validate_chiral / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_validate_chiral.auth_atom_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1c0k.cif.gz	183.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1c0k.ent.gz	144.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1c0k.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c0/1c0k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c0/1c0k	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1c0lC 1c0pC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1c0l-1 1c0p-1 4hym-d 1c0i-1 1hzx-d 2vcc-d 2vc9-d 4xg0-2 4a4a-d 3pvy-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: PROTEIN (D-AMINO ACID OXIDASE)

ヘテロ分子

40.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: PROTEIN (D-AMINO ACID OXIDASE)

ヘテロ分子

A: PROTEIN (D-AMINO ACID OXIDASE)

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
81 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	120.670, 120.670, 136.370
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	97
Space group name H-M	I422

#1: タンパク質	PROTEIN (D-AMINO ACID OXIDASE) 分子量: 39614.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rhodosporidium toruloides (菌類) / プラスミド: PT7.7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P80324, D-アミノ酸オキシダーゼ
#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD / フラビンアデニンジヌクレオチド分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / コメント: FAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-LAC / LACTIC ACID / D-乳酸 / 乳酸分子量: 90.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₆O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 623 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 3.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.72 %

結晶化

pH: 7.5 / 詳細: pH 7.50

結晶化

*PLUS

温度: 18 ℃ / pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID
1	20 mM	HEPES	1	drop
2	100 mM	HEPES	1	reservoir
3	15 %	PEG10000	1	reservoir
4	200 mM	ammonium sulfate	1	reservoir
5	1 mM	L-lactate	1	reservoir

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7B / 波長: 0.8345
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年9月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8345 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.46→100 Å / Num. obs: 515122 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.2 % / R_merge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 20.1
反射	PLUS 最高解像度: 1.46 Å / 最低解像度: 100 Å / Num. obs: 83893 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.2 % / Num. measured all*: 515122
反射シェル	PLUS % possible obs: 91.2 % / R_merge(I) obs: 0.288 / Mean I/σ(I) obs*: 3.2

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
X-PLOR	モデル構築
SHELXL-97	精密化
MAR345	データ収集
XDS	データスケーリング
X-PLOR	位相決定

精密化

解像度: 1.46→100 Å / σ(F): 0

	%反射	Selection details
obs	99.1 %	-
R_free	-	RANDOM, BUT SAME AS I IN COMLEX WITH D-ALANI

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.46→100 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2799	0	60	623	3482

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	s_bond_d	0.008
X-RAY DIFFRACTION	s_angle_d	1.73
X-RAY DIFFRACTION	s_similar_dist
X-RAY DIFFRACTION	s_from_restr_planes
X-RAY DIFFRACTION	s_zero_chiral_vol
X-RAY DIFFRACTION	s_non_zero_chiral_vol
X-RAY DIFFRACTION	s_anti_bump_dis_restr
X-RAY DIFFRACTION	s_rigid_bond_adp_cmpnt
X-RAY DIFFRACTION	s_similar_adp_cmpnt
X-RAY DIFFRACTION	s_approx_iso_adps

ソフトウェア

*PLUS

名称: SHELXL-97 / 分類: refinement

精密化

*PLUS

最低解像度: 100 Å / σ(F): 0 / R_factor obs: 0.112 / R_factor R_free: 0.161

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

タイプ: s_angle_d / Dev ideal: 1.73

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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