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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1bys | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF NUC COMPLEXED WITH TUNGSTATE | ||||||
要素 | PROTEIN (ENDONUCLEASE) | ||||||
キーワード | ENDONUCLEASE (エンドヌクレアーゼ) / PHOSPHODIESTERASE (ホスホジエステラーゼ) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 phosphorus metabolic process / phospholipase D / RNA endonuclease activity, producing 5'-phosphomonoesters / phospholipid biosynthetic process / endonuclease activity 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Salmonella typhimurium (サルモネラ菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Stuckey, J.A. / Dixon, J.E. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1999 タイトル: Crystal structure of a phospholipase D family member. 著者: Stuckey, J.A. / Dixon, J.E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1bys.cif.gz | 45 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1bys.ent.gz | 31.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1bys.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/by/1bys ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/by/1bys | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17175.416 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (サルモネラ菌) 細胞内の位置: PERIPLASMペリプラズム / 遺伝子: NUC / プラスミド: PT7-7 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 細胞内の位置 (発現宿主): PERIPLASM / 遺伝子 (発現宿主): NUC / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q46707, UniProt: Q79SE0*PLUS |
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#2: 化合物 | ChemComp-WO4 / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 55 % | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7.5 詳細: 10 MG/ML PROTEIN + 2M NH4SO4, 100MM TRIS-HCL, PH 7.5 | ||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Zhao, Y., (1997) Protein Sci., 6, 2655. | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 93 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: MIRRORS |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→17.8 Å / Num. obs: 17248 / % possible obs: 90 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.94 % / Rsym value: 0.69 / Net I/σ(I): 20 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 6 % / Mean I/σ(I) obs: 20 / Rsym value: 0.15 / % possible all: 99 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 119802 / Rmerge(I) obs: 0.069 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 99 % / Rmerge(I) obs: 0.15 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2→8 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→8 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.15 Å / Total num. of bins used: 8
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 8 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 10 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS 最高解像度: 2 Å / Rfactor Rfree: 0.297 / % reflection Rfree: 9.8 % / Rfactor Rwork: 0.272 / Rfactor obs: 0.272 |