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万見
- PDB-1byr: CRYSTAL STRUCTURE OF A PHOSPHOLIPASE D FAMILY MEMBER, NUC FROM SA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1byr
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF A PHOSPHOLIPASE D FAMILY MEMBER, NUC FROM SALMONELLA TYPHIMURIUM
要素PROTEIN (ENDONUCLEASE)
キーワードENDONUCLEASE (エンドヌクレアーゼ) / PHOSPHODIESTERASE (ホスホジエステラーゼ)
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphorus metabolic process / phospholipase D / RNA endonuclease activity, producing 5'-phosphomonoesters
類似検索 - 分子機能
Phospholipase D-like domain / PLD-like domain / Phospholipase D. Active site motifs. / Phospholipase D/Transphosphatidylase / Phospholipase D phosphodiesterase active site profile. / Endonuclease Chain A / Endonuclease; Chain A / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / 多波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Stuckey, J.A. / Dixon, J.E.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1999
タイトル: Crystal structure of a phospholipase D family member.
著者: Stuckey, J.A. / Dixon, J.E.
履歴
登録1998年10月19日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年10月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (ENDONUCLEASE)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,1751
ポリマ－17,1751
非ポリマー00
水3,387188
1
A: PROTEIN (ENDONUCLEASE)

A: PROTEIN (ENDONUCLEASE)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,3512
ポリマ－34,3512
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area2400 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area11690 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)59.060, 59.060, 111.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN (ENDONUCLEASE)


分子量: 17175.416 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
細胞内の位置: PERIPLASMペリプラズム / 遺伝子: NUC / プラスミド: PT7-7 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 細胞内の位置 (発現宿主): PERIPLASM / 遺伝子 (発現宿主): NUC / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q46707
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 188 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 55 %
結晶化pH: 7.5 / 詳細: 10 MG/ML PROTEIN + 2M NH4SO4, 100MM TRIS-HCL,PH 7.5
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Zhao, Y., (1997) Protein Sci., 6, 2655.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
15 mg/mlprotein1drop
21 Mammonium sulfate1drop
350 mMTris-HCl1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 123 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: ADSC
放射モノクロメーター: NI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→16.4 Å / Num. obs: 13546 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.1 % / Rsym value: 0.39 / Net I/σ(I): 15
反射 シェル解像度: 2→2.15 Å / 冗長度: 3 % / Mean I/σ(I) obs: 5.8 / Rsym value: 0.082 / % possible all: 96
反射
*PLUS
Num. measured all: 42490 / Rmerge(I) obs: 0.039
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 96 % / Rmerge(I) obs: 0.082

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CCP4モデル構築
X-PLOR3.851精密化
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2→8 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25 1320 10.06 %RANDOM
Rwork0.193 ---
obs0.193 13112 95.8 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1181 0 0 188 1369
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.61
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d25.72
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d0.757
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2→2.15 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2344 136 10.3 %
Rwork0.2179 1390 -
obs--91.48 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARAM11.WATTOPH19.PEP
X-RAY DIFFRACTION3TOPH11.WAT
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 8 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 10.06 % / Rfactor Rfree: 0.25
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg25.72
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg0.757
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 2 Å / % reflection Rfree: 10.3 % / Rfactor obs: 0.218

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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