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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1bv3 | ||||||
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タイトル | HUMAN CARBONIC ANHYDRASE II COMPLEXED WITH UREA | ||||||
要素 | PROTEIN (CARBONIC ANHYDRASE II) | ||||||
キーワード | LYASE (リアーゼ) / CARBONATE HYDRO-LYASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / 分泌 / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / angiotensin-activated signaling pathway ...positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / 分泌 / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / angiotensin-activated signaling pathway / positive regulation of synaptic transmission, GABAergic / morphogenesis of an epithelium / regulation of intracellular pH / 炭酸脱水酵素 / carbonate dehydratase activity / carbon dioxide transport / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / neuron cellular homeostasis / one-carbon metabolic process / apical part of cell / 髄鞘 / extracellular exosome / zinc ion binding / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / その他 / 解像度: 1.85 Å | ||||||
データ登録者 | Briganti, F. / Mangani, S. / Scozzafava, A. / Vernaglione, G. / Supuran, C.T. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Inorg.Chem. / 年: 1999 タイトル: Carbonic anhydrase catalyzes cyanamide hydration to urea: is it mimicking the physiological reaction? 著者: Briganti, F. / Mangani, S. / Scozzafava, A. / Vernaglione, G. / Supuran, C.T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1bv3.cif.gz | 68.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1bv3.ent.gz | 49.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1bv3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bv/1bv3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bv/1bv3 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29157.863 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / Cell: ERYTHROCYTES / プラスミド: PACA-HCA II / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P00918, 炭酸脱水酵素 |
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#2: 化合物 | ChemComp-ZN / |
#3: 化合物 | ChemComp-HGB / |
#4: 化合物 | ChemComp-URE / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.6 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7.7 詳細: 2.3M AMMONIUM SULFATE, 55MM TRIS-HCL, 1MM SODIUM 4-(HYDROXYMERCURY)BENZOATE, PH 7, pH 7.7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: drop consists of equal volume of enzyme and reservoir solutions PH range low: 7.8 / PH range high: 7.7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 295 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: SIEMENS / 検出器: CCD / 日付: 1998年5月15日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: GOBEL MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.85→30 Å / Num. obs: 21668 / % possible obs: 91.2 % / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 5.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.85→1.95 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.134 / Mean I/σ(I) obs: 4.8 / % possible all: 92.5 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 55987 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 92.5 % / Mean I/σ(I) obs: 5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: その他 / 解像度: 1.85→10 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 詳細: THE SIDE CHAIN OF HIS A 64 IS DISORDERED WITH AN OCCUPANCY OF 0.70.
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Refine analyze | Luzzati d res low obs: 10 Å / Luzzati sigma a obs: 0.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.85→10 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CCP4 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor Rfree: 0.217 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |