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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1bsx | |||||||||
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タイトル | STRUCTURE AND SPECIFICITY OF NUCLEAR RECEPTOR-COACTIVATOR INTERACTIONS | |||||||||
要素 |
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キーワード | HORMONE/GROWTH FACTOR / NUCLEAR RECEPTORS (核内受容体) / COACTIVATORS / GRIP1 / SPECIFICITY INTERACTION SITE / HORMONE-GROWTH FACTOR COMPLEX | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 retinal cone cell apoptotic process / negative regulation of female receptivity / female courtship behavior / retinal cone cell development / thyroid hormone mediated signaling pathway / positive regulation of thyroid hormone mediated signaling pathway / cellular response to thyroid hormone stimulus / regulation of heart contraction / type I pneumocyte differentiation / thyroid hormone binding ...retinal cone cell apoptotic process / negative regulation of female receptivity / female courtship behavior / retinal cone cell development / thyroid hormone mediated signaling pathway / positive regulation of thyroid hormone mediated signaling pathway / cellular response to thyroid hormone stimulus / regulation of heart contraction / type I pneumocyte differentiation / thyroid hormone binding / retinoic acid receptor signaling pathway / sensory perception of sound / SUMOylation of intracellular receptors / mRNA transcription by RNA polymerase II / chromatin DNA binding / transcription coactivator binding / Nuclear Receptor transcription pathway / RNA polymerase II transcription regulator complex / nuclear receptor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / 細胞分化 / nuclear body / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / DNA-templated transcription / クロマチン / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / 核質 / 細胞核 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3.7 Å | |||||||||
データ登録者 | Wagner, R.L. / Darimont, B.D. / Apriletti, J.W. / Stallcup, M.R. / Kushner, P.J. / Baxter, J.D. / Fletterick, R.J. / Yamamoto, K.R. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Genes Dev. / 年: 1998 タイトル: Structure and specificity of nuclear receptor-coactivator interactions. 著者: Darimont, B.D. / Wagner, R.L. / Apriletti, J.W. / Stallcup, M.R. / Kushner, P.J. / Baxter, J.D. / Fletterick, R.J. / Yamamoto, K.R. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1bsx.cif.gz | 102.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1bsx.ent.gz | 80.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1bsx.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bs/1bsx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bs/1bsx | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (0.52697, 0.84909, -0.03674), ベクター: |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29410.996 Da / 分子数: 2 / 断片: LIGAND BINDING DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 詳細: HIS-TAGGED (THE FOLLOWING RESIDUES WERE NOT SEEN IN THE ELECTRON DENSITY: MGSSHHHHHHSSGLVPRGSHM) 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PET28 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / 参照: UniProt: P10828 #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1507.738 Da / 分子数: 2 / 断片: NR-BOX2 FROM NUCLEAR RECEPTOR INTERACTION DOMAIN / 由来タイプ: 合成 #3: 化合物 | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 52 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 4.9 / 詳細: pH 4.9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 105 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年11月15日 |
放射 | モノクロメーター: NI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.6→25 Å / Num. obs: 8490 / % possible obs: 96.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.077 / Rsym value: 0.077 / Net I/σ(I): 12 |
反射 シェル | 解像度: 3.6→3.66 Å / Rmerge(I) obs: 0.261 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Rsym value: 0.261 / % possible all: 96.3 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 35565 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 96.3 % / Num. unique obs: 411 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: HUMAN THYROID HORMONE RECEPTOR BETA 解像度: 3.7→100 Å / Data cutoff high rms absF: 10000 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 36 Å2 / ksol: 0.27 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.7→100 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: STRICT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 3.7 Å / Num. reflection all: 7851 / Num. reflection obs: 7614 / σ(F): 2 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor all: 0.254 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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