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- PDB-1brv: SOLUTION NMR STRUCTURE OF THE IMMUNODOMINANT REGION OF PROTEIN G ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1brv
タイトルSOLUTION NMR STRUCTURE OF THE IMMUNODOMINANT REGION OF PROTEIN G OF BOVINE RESPIRATORY SYNCYTIAL VIRUS, 48 STRUCTURES
要素PROTEIN GプロテインG
キーワードGLYCOPROTEIN (糖タンパク質) / ATTACHMENT PROTEIN G OF BOVINE RESPIRATORY SYNCYTIAL VIRUS / IMMUNOGLOBULIN-BINDING PROTEIN / TRANSMEMBRANE (膜貫通型タンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


virus-mediated perturbation of host defense response => GO:0019049 / host cell surface / membrane => GO:0016020 / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / virion membrane / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Major surface glycoprotein G / Pneumovirus attachment glycoprotein G
類似検索 - ドメイン・相同性
Major surface glycoprotein G
類似検索 - 構成要素
生物種Bovine respiratory syncytial virus (ウイルス)
手法溶液NMR / SEE REMARK 3
データ登録者Doreleijers, J.F. / Langedijk, J.P.M. / Hard, K. / Rullmann, J.A.C. / Boelens, R. / Schaaper, W.M. / Van Oirschot, J.T. / Kaptein, R.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1996
タイトル: Solution structure of the immunodominant region of protein G of bovine respiratory syncytial virus.
著者: Doreleijers, J.F. / Langedijk, J.P. / Hard, K. / Boelens, R. / Rullmann, J.A. / Schaaper, W.M. / van Oirschot, J.T. / Kaptein, R.
#1: ジャーナル: J.Gen.Virol. / 年: 1996
タイトル: Proposed Three-Dimensional Model for the Attachment Protein G of Respiratory Syncytial Virus
著者: Langedijk, J.P. / Schaaper, W.M. / Meloen, R.H. / Van Oirschot, J.T.
履歴
登録1996年3月29日処理サイト: BNL
改定 1.01997年6月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly ...pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN G


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,6051
ポリマ－3,6051
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)48 / 50ERROR FUNCTION DGII
代表モデル

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要素

#1: タンパク質・ペプチド PROTEIN G / プロテインG / BRSV-G REGION


分子量: 3605.001 Da / 分子数: 1 / 断片: IMMUNODOMINANT REGION, RESIDUES 158 - 189 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bovine respiratory syncytial virus (strain 391-2) (ウイルス)
属: Pneumovirus / 生物種: Bovine respiratory syncytial virus / 株: 391-2 / 参照: UniProt: P22261

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111TOCSY
121NOESY
131HSQC
141DQF-COSY

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試料調製

試料状態pH: 4.6 / 温度: 285 K
結晶化
*PLUS
手法: その他 / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
製造業者磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian7501
Bruker5002

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解析

NMR software
名称開発者分類
DISCOVERBIOSYM精密化
REGINE構造決定
DGII構造決定
DISCOVER構造決定
精密化手法: SEE REMARK 3 / ソフトェア番号: 1
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: ERROR FUNCTION DGII / 計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 48

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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