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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1bq6 | ||||||
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タイトル | CHALCONE SYNTHASE FROM ALFALFA WITH COENZYME A | ||||||
要素 | CHALCONE SYNTHASE | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / POLYKETIDE SYNTHASE (ポリケチド合成酵素) / CHALCONE BIOSYNTHESIS | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 chalcone biosynthetic process / chalcone synthase activity / chalcone synthase / naringenin-chalcone synthase activity / flavonoid biosynthetic process / polyketide biosynthetic process 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Medicago sativa (ムラサキウマゴヤシ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / その他 / 解像度: 1.56 Å | ||||||
データ登録者 | Ferrer, J.-L. / Bowman, M.E. / Jez, J. / Dixon, R. / Noel, J.P. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1999 タイトル: Structure of chalcone synthase and the molecular basis of plant polyketide biosynthesis. 著者: Ferrer, J.L. / Jez, J.M. / Bowman, M.E. / Dixon, R.A. / Noel, J.P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1bq6.cif.gz | 176.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1bq6.ent.gz | 143.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1bq6.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bq/1bq6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bq/1bq6 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 42656.086 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Medicago sativa (ムラサキウマゴヤシ) 組織: 21 DAY OLD ROOT NODULE / プラスミド: PET28B / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P30074, chalcone synthase |
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#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#3: 化合物 | ChemComp-COA / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 42 % | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 6.5 / 詳細: pH 6.5 | ||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法 | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 105 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.08 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年5月1日 / 詳細: PT-COATED MIRROR |
放射 | モノクロメーター: SI(111) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.08 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.58→35.5 Å / Num. obs: 45366 / % possible obs: 91.5 % / 冗長度: 3.5 % / Rsym value: 0.035 / Net I/σ(I): 23.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.58→1.62 Å / 冗長度: 1.6 % / Mean I/σ(I) obs: 5.3 / Rsym value: 0.191 / % possible all: 69.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: その他 開始モデル: PDB ENTRY 1BI5 解像度: 1.56→10 Å / Num. parameters: 31993 / Num. restraintsaints: 40273 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER 詳細: THE FIRST STEP OF THE REFINEMENT WAS PERFORMED WITH REFMAC AND ARP. ANISOTROPIC SCALING WAS APPLIED BY THE METHOD OF PARKIN, MOEZZI & HOPE, J.APPL.CRYST.28(1995)53-56. ANISOTROPIC REFINEMENT ...詳細: THE FIRST STEP OF THE REFINEMENT WAS PERFORMED WITH REFMAC AND ARP. ANISOTROPIC SCALING WAS APPLIED BY THE METHOD OF PARKIN, MOEZZI & HOPE, J.APPL.CRYST.28(1995)53-56. ANISOTROPIC REFINEMENT REDUCED FREE R (NO CUTOFF) BY 0.84%
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Num. disordered residues: 16 / Occupancy sum hydrogen: 0 / Occupancy sum non hydrogen: 3364.6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.56→10 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: SHELXL-97 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor Rwork: 0.1654 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |