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万見
- PDB-1bp6: THYMIDYLATE SYNTHASE R23I, R179T DOUBLE MUTANT -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1bp6
タイトルTHYMIDYLATE SYNTHASE R23I, R179T DOUBLE MUTANT
要素PROTEIN (THYMIDYLATE SYNTHASE)
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / TRANSFERASE (METHYLTRANSFERASE) / METHYLTRANSFERASE (メチルトランスフェラーゼ) / NUCLEOTIDE BIOSYNTHESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


thymidylate synthase / thymidylate synthase activity / dTMP biosynthetic process / dTTP biosynthetic process / メチル化 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Thymidylate Synthase; Chain A / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase domain / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase / Thymidylate synthase, active site / Thymidylate synthase active site. / Thymidylate synthase / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase domain / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase superfamily / Thymidylate synthase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE / Thymidylate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Lactobacillus casei (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Morse, R.J. / Finer-Moore, J.S. / Stroud, R.M.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2000
タイトル: Energetic contributions of four arginines to phosphate-binding in thymidylate synthase are more than additive and depend on optimization of "effective charge balance".
著者: Morse, R.J. / Kawase, S. / Santi, D.V. / Finer-Moore, J. / Stroud, R.M.
#1: ジャーナル: Faseb J. / 年: 1993
タイトル: Stereochemistry of a Multistep(Slash)Bipartite Methyl Transfer Reaction: Thymidylate Synthase
著者: Stroud, R.M. / Finer-Moore, J.S.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993
タイトル: Refined Structures of Substrate-Bound and Phosphate-Bound Thymidylate Synthase from Lactobacillus Casei
著者: Finer-Moore, J.S. / Fauman, E.B. / Foster, P.G. / Perry, K.M. / Santi, D.V. / Stroud, R.M.
#3: ジャーナル: Science / 年: 1987
タイトル: Atomic Structure of Thymidylate Synthase: Target for Rational Drug Design
著者: Hardy, L.W. / Finer-Moore, J.S. / Montfort, W.R. / Jones, M.O. / Santi, D.V. / Stroud, R.M.
履歴
登録1998年8月13日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01998年8月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月16日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32021年11月3日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月9日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (THYMIDYLATE SYNTHASE)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,8783
ポリマ－36,5301
非ポリマー3472
水99155
1
A: PROTEIN (THYMIDYLATE SYNTHASE)
ヘテロ分子

A: PROTEIN (THYMIDYLATE SYNTHASE)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,7556
ポリマ－73,0612
非ポリマー6954
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation9_654-x+1,-x+y,-z-1/31
2
A: PROTEIN (THYMIDYLATE SYNTHASE)
ヘテロ分子

A: PROTEIN (THYMIDYLATE SYNTHASE)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,7556
ポリマ－73,0612
非ポリマー6954
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation11_554-x+y,y,-z-1/21
Buried area5260 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area26210 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)78.500, 78.500, 243.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-317-

K

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN (THYMIDYLATE SYNTHASE)


分子量: 36530.328 Da / 分子数: 1 / 変異: R23I, R179T / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lactobacillus casei (バクテリア)
株: E. COLI CHI-2913 / 解説: SYNTHETIC GENE / プラスミド: PKPTSD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): CHI-2913 / 参照: UniProt: P00469, thymidylate synthase
#2: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 化合物 ChemComp-UMP / 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE / DUMP / dUMP / デオキシウリジン一リン酸


分子量: 308.182 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H13N2O8P
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 55 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細LIES ON A CRYSTALLOGRAPHIC 2-FOLD POT 39 IS A POSSIBLE POTASSIUM ION THAT LIES ON A MOLECULAR AND ...LIES ON A CRYSTALLOGRAPHIC 2-FOLD POT 39 IS A POSSIBLE POTASSIUM ION THAT LIES ON A MOLECULAR AND CRYSTALLOGRAPHIC TWO-FOLD AXIS.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 57 %
結晶化pH: 7 / 詳細: pH 7.0
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法 / 詳細: Finer-Moore, J.S., (1993) J.Mol.Biol., 232, 1101.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
110 mg/mlprotein1drop
220 mMpotassium phosphate1drop
320 mMpotassium phosphate1reservoir
420 mMammonium sulfate1reservoir
538 mMdUMP1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年4月15日
放射モノクロメーター: GRAPHITE MONOCHROMETER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 16096 / % possible obs: 87.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 34.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.093 / Rsym value: 9.3 / Net I/σ(I): 0.096
反射 シェル解像度: 2.4→2.5 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.51 / Mean I/σ(I) obs: 1.85 / Rsym value: 51 / % possible all: 75.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR3.8精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1TDM

1tdm
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.4→7 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 10000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.271 1571 10 %RANDOM
Rwork0.197 ---
obs0.197 15689 89.3 %-
原子変位パラメータBiso mean: 30.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.38 Å0.37 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a-0.41 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2586 0 21 55 2662
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d24.3
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.22
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it4.041.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it5.832
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it4.431.5
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it6.122
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.5 Å / Rfactor Rfree error: 0.023 / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.379 151 10.3 %
Rwork0.29 1453 -
obs--77.6 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARAM11.WATTOPH11.WAT
X-RAY DIFFRACTION3PARAMED.LIGTOPO.DUMP
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.8 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 2 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor Rfree: 0.251
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 30.9 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg24.3
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.22
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it2
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it2
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.379 / % reflection Rfree: 10.3 % / Rfactor Rwork: 0.29

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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