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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1bo4 | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF A GCN5-RELATED N-ACETYLTRANSFERASE: SERRATIA MARESCENS AMINOGLYCOSIDE 3-N-ACETYLTRANSFERASE | ||||||
要素 | PROTEIN (SERRATIA MARCESCENS AMINOGLYCOSIDE-3-N-ACETYLTRANSFERASE) | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / AMINOGLYCOSIDE 3-N-ACETYLTRANSFERASE / EUBACTERIAL AMINOGLYCOSIDE RESISTANCE / GCN5-RELATED N-ACETYLTRANSFERASE / COA-BINDING | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Serratia marcescens (霊菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Wolf, E. / Vassilev, A. / Makino, Y. / Sali, A. / Nakatani, Y. / Burley, S.K. | ||||||
引用 | ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1998 タイトル: Crystal structure of a GCN5-related N-acetyltransferase: Serratia marcescens aminoglycoside 3-N-acetyltransferase. 著者: Wolf, E. / Vassilev, A. / Makino, Y. / Sali, A. / Nakatani, Y. / Burley, S.K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1bo4.cif.gz | 74.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1bo4.ent.gz | 55.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1bo4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bo/1bo4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bo/1bo4 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.999954, 9.4E-5, 0.009258), ベクター: |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18487.984 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Serratia marcescens (霊菌) / Cell: EUBACTERIA / 細胞内の位置: CYTOPLASM細胞質 / 遺伝子: AACC1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 細胞内の位置 (発現宿主): CYTOPLASM / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q53396 #2: 化合物 | ChemComp-SPD / | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.8 詳細: SITTING DROP, 4 DEGREES C, 3.5MG/ML PROTEIN + 5MM COA, 100MM TRIS-HCL PH7.8, 0.8% PEG4K, 18% T-BUTANOL, 20MM SRCL2, 7% DIOXANE, 5% 2,4-METHYLPENTANEDIOL, 40MM HEXANEDIOL, 10MM DITHIOTHREITOL, ...詳細: SITTING DROP, 4 DEGREES C, 3.5MG/ML PROTEIN + 5MM COA, 100MM TRIS-HCL PH7.8, 0.8% PEG4K, 18% T-BUTANOL, 20MM SRCL2, 7% DIOXANE, 5% 2,4-METHYLPENTANEDIOL, 40MM HEXANEDIOL, 10MM DITHIOTHREITOL, 2MM TRIS(2-CARBOXY- ETHYL)PHOSPHINE-HCL, 10MM SPERMIDINE, 2.5% GLYCEROL, vapor diffusion - sitting drop, temperature 277K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F2 / 波長: 0.9793, 0.9703, 0.9668 | ||||||||||||
検出器 | 検出器: CCD / 日付: 1998年5月15日 | ||||||||||||
放射 | プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 2.3→20 Å / Num. obs: 16291 / % possible obs: 92.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 27 Å2 / Rsym value: 0.052 / Net I/σ(I): 7.6 | ||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.42 Å / 冗長度: 7.2 % / Mean I/σ(I) obs: 6.4 / Rsym value: 0.093 / % possible all: 92.9 | ||||||||||||
反射 | *PLUS Num. measured all: 118408 / Rmerge(I) obs: 0.052 | ||||||||||||
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 92.9 % / Rmerge(I) obs: 0.093 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.3→15 Å / Data cutoff high rms absF: 10000 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
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溶媒の処理 | Bsol: 49.7 Å2 / ksol: 0.37 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 24.9 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→15 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: RESTRAINTS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.3→2.33 Å / Total num. of bins used: 31
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 0.3C / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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