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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1bjq | ||||||
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タイトル | THE DOLICHOS BIFLORUS SEED LECTIN IN COMPLEX WITH ADENINE | ||||||
要素 | LECTINレクチン | ||||||
キーワード | GLYCOPROTEIN (糖タンパク質) / LECTIN (レクチン) / ADENINE (アデニン) / QUATERNARY STRUCTURE / LEGUME LECTIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Vigna unguiculata subsp. cylindrica (マメ科) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å | ||||||
データ登録者 | Hamelryck, T.W. / Loris, R. / Bouckaert, J. / Dao-Thi, M.H. / Wyns, L. / Etzler, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1999 タイトル: Carbohydrate binding, quaternary structure and a novel hydrophobic binding site in two legume lectin oligomers from Dolichos biflorus. 著者: Hamelryck, T.W. / Loris, R. / Bouckaert, J. / Dao-Thi, M.H. / Strecker, G. / Imberty, A. / Fernandez, E. / Wyns, L. / Etzler, M.E. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1998 タイトル: Crystallization of Two Related Lectins from the Legume Plant Dolichos Biflorus 著者: Dao-Thi, M.-H. / Hamelryck, T.W. / Bouckaert, J. / Korber, F. / Burkow, V. / Poortmans, F. / Etzler, M. / Strecker, G. / Wyns, L. / Loris, R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1bjq.cif.gz | 363 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1bjq.ent.gz | 297.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1bjq.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bj/1bjq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bj/1bjq | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCS oper:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27115.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: DOLICHOS BIFLORUS SEED LECTIN 由来: (組換発現) Vigna unguiculata subsp. cylindrica (マメ科) 生物種: Vigna unguiculata / 株: subsp. cylindrica / 細胞株: BL21 / 器官: SEEDS種子 / プラスミド: BL21 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P05045 #2: 化合物 | ChemComp-CA / #3: 化合物 | ChemComp-MN / #4: 化合物 | ChemComp-ADE / 構成要素の詳細 | THE DOLICHOS BIFLORUS SEED LECTIN IS A HETEROTETRAMERIC LEGUME LECTIN COMPOSED OF TWO INTACT (253 ...THE DOLICHOS BIFLORUS SEED LECTIN IS A HETEROTETR | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 40 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 6.5 詳細: 100 MM NA-CACODYLATE PH 6.5 10 % (W/V) PEG 8000 20 MM MGAC2 1 MM ADENINE | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: Dao-Thi, M., (1998) Acta Crystallogr.,Sect.D, 54, 1446. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX7.2 / 波長: 1.488 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年3月1日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.488 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.65→20 Å / Num. obs: 57851 / % possible obs: 92.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.8 % / Biso Wilson estimate: 22.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.116 / Net I/σ(I): 12.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.65→2.74 Å / 冗長度: 1.3 % / Rmerge(I) obs: 0.315 / Mean I/σ(I) obs: 6.5 / % possible all: 69.1 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 162686 |
反射 シェル | *PLUS 最低解像度: 2.67 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1FAT 解像度: 2.65→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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原子変位パラメータ | Biso mean: 26 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.65→20 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.65→2.74 Å / Rfactor Rfree error: 0.017 / Total num. of bins used: 10
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor obs: 0.326 |