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- PDB-1bi9: RETINAL DEHYDROGENASE TYPE TWO WITH NAD BOUND -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1bi9
タイトルRETINAL DEHYDROGENASE TYPE TWO WITH NAD BOUND
要素RETINAL DEHYDROGENASE TYPE II
キーワードALDEHYDE DEHYDROGENASE (アルデヒドデヒドロゲナーゼ) / RETINOID (レチノイド)
機能・相同性
機能・相同性情報


RA biosynthesis pathway / determination of bilateral symmetry / retinoic acid receptor signaling pathway involved in somitogenesis / 9-cis-retinoic acid biosynthetic process / 3-chloroallyl aldehyde dehydrogenase activity / regulation of endothelial cell proliferation / retinoic acid biosynthetic process / レチナールデヒドロゲナーゼ / ureter maturation / embryonic camera-type eye development ...RA biosynthesis pathway / determination of bilateral symmetry / retinoic acid receptor signaling pathway involved in somitogenesis / 9-cis-retinoic acid biosynthetic process / 3-chloroallyl aldehyde dehydrogenase activity / regulation of endothelial cell proliferation / retinoic acid biosynthetic process / レチナールデヒドロゲナーゼ / ureter maturation / embryonic camera-type eye development / morphogenesis of embryonic epithelium / pituitary gland development / proximal/distal pattern formation / neural crest cell development / retinal metabolic process / hindbrain development / embryonic digestive tract development / aldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / camera-type eye development / cardiac muscle tissue development / retinal binding / response to vitamin A / 膵臓 / embryonic forelimb morphogenesis / retinal dehydrogenase activity / embryonic limb morphogenesis / retinoic acid metabolic process / neural tube development / retinol metabolic process / anterior/posterior pattern specification / midgut development / blood vessel development / face development / retinoic acid receptor signaling pathway / heart morphogenesis / cellular response to retinoic acid / forebrain development / liver development / kidney development / response to cytokine / lung development / neuron differentiation / response to estradiol / protein homotetramerization / positive regulation of apoptotic process / negative regulation of cell population proliferation / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression / perinuclear region of cytoplasm / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde dehydrogenase, glutamic acid active site / Aldehyde dehydrogenases glutamic acid active site. / Aldehyde dehydrogenase, cysteine active site / Aldehyde dehydrogenases cysteine active site. / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family ...Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde dehydrogenase, glutamic acid active site / Aldehyde dehydrogenases glutamic acid active site. / Aldehyde dehydrogenase, cysteine active site / Aldehyde dehydrogenases cysteine active site. / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family / Aldehyde dehydrogenase, N-terminal / Aldehyde dehydrogenase, C-terminal / Aldehyde/histidinol dehydrogenase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Retinal dehydrogenase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Newcomer, M.E. / Lamb, A.L.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1999
タイトル: The structure of retinal dehydrogenase type II at 2.7 A resolution: implications for retinal specificity.
著者: Lamb, A.L. / Newcomer, M.E.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1998
タイトル: Purification, Crystallization and Preliminary X-Ray Diffraction Studies of Retinal Dehydrogenase Type II
著者: Lamb, A.L. / Wang, X. / Napoli, J.L. / Newcomer, M.E.
#2: ジャーナル: Mech.Dev. / 年: 1997
タイトル: Restricted Expression and Retinoic Acid-Induced Downregulation of the Retinaldehyde Dehydrogenase Type 2 (Raldh-2) Gene During Mouse Development
著者: Niederreither, K. / Mccaffery, P. / Drager, U.C. / Chambon, P. / Dolle, P.
#3: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1996
タイトル: Cloning of a Cdna Encoding an Aldehyde Dehydrogenase and its Expression in Escherichia Coli. Recognition of Retinal as Substrate
著者: Wang, X. / Penzes, P. / Napoli, J.L.
履歴
登録1998年6月23日処理サイト: BNL
改定 1.01999年7月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02023年8月2日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_site / database_2 ...atom_site / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI ..._atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RETINAL DEHYDROGENASE TYPE II
B: RETINAL DEHYDROGENASE TYPE II
C: RETINAL DEHYDROGENASE TYPE II
D: RETINAL DEHYDROGENASE TYPE II
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)221,91110
ポリマ－219,1864
非ポリマー2,7256
水4,035224
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19800 Å2
ΔGint-85 kcal/mol
Surface area69410 Å2
手法PISA
2
A: RETINAL DEHYDROGENASE TYPE II
B: RETINAL DEHYDROGENASE TYPE II
C: RETINAL DEHYDROGENASE TYPE II
D: RETINAL DEHYDROGENASE TYPE II
ヘテロ分子

A: RETINAL DEHYDROGENASE TYPE II
B: RETINAL DEHYDROGENASE TYPE II
C: RETINAL DEHYDROGENASE TYPE II
D: RETINAL DEHYDROGENASE TYPE II
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)443,82120
ポリマ－438,3728
非ポリマー5,44912
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
Buried area42760 Å2
ΔGint-227 kcal/mol
Surface area136170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)149.800, 167.300, 107.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.997153, -0.074226, -0.013242), (-0.073828, 0.996869, -0.028319), (0.015303, -0.027261, -0.999511)6.1349, 0.9641, 56.4354
2given(0.970458, 0.078955, -0.227987), (0.075663, -0.996864, -0.023158), (-0.2291, 0.005224, -0.973389)3.14762, 84.8212, 55.94475
3given(-0.979792, 0.004722, 0.199962), (0.001841, -0.999466, 0.032623), (0.200009, 0.032332, 0.97926)-2.20562, 84.34851, -1.11575

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要素

#1: タンパク質
RETINAL DEHYDROGENASE TYPE II / RALDH2


分子量: 54796.504 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 細胞内の位置: CYTOPLASM細胞質 / 器官: TESTIS精巣 / 細胞株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 細胞内の位置 (発現宿主): CYTOPLASM / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q63639, 酸化還元酵素; アルデヒドまたはケトンに対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる
#2: 化合物
ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / ニコチンアミドアデニンジヌクレオチド


分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 224 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 60 %
結晶化pH: 7.1 / 詳細: pH 7.1
結晶化
*PLUS
温度: 25 ℃ / pH: 8.5 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
15 mg/mlprotein1drop
220 mMHEPES1drop
3150 mM1dropKCl
41 mMEDTA1drop
51 mMbeta-mercaptoethanol1drop
62 mMNAD1drop
72 mMbeta-ionone1drop
81.0-1.3 Mammonium sulfate1reservoir
90.1 MMES1reservoir
105 %dioxane1reservoir
119-12 %ethylene glycol1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 123 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS II / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年9月1日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: NI FILTER / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→30 Å / Num. obs: 75572 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 53.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 22
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.412 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 99.9
反射
*PLUS
Num. measured all: 864923
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.9 % / Mean I/σ(I) obs: 3.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS0.4精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS0.4位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1A4Z

1a4z


解像度: 2.7→30 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 283265.58 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.289 7291 10.1 %RANDOM
Rwork0.234 ---
obs0.234 72113 95.1 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 42.49 Å2 / ksol: 0.326 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 48.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.5 Å20 Å20 Å2
2---13.25 Å20 Å2
3---20.74 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.47 Å0.37 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.58 Å0.48 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 0 0 0 0
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.86
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.87 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.399 1167 10.3 %
Rwork0.343 10144 -
obs--90.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3NAD_SHORT.PARNAD_SHORT.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ION.PARAMION.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.4 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg23.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.86

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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