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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1bff | ||||||
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タイトル | THE 154 AMINO ACID FORM OF HUMAN BASIC FIBROBLAST GROWTH FACTOR | ||||||
![]() | BASIC FIBROBLAST GROWTH FACTOR![]() | ||||||
![]() | ![]() | ||||||
機能・相同性 | ![]() growth factor dependent regulation of skeletal muscle satellite cell proliferation / positive regulation of inner ear auditory receptor cell differentiation / positive regulation of neuroepithelial cell differentiation / regulation of blood vessel endothelial cell proliferation involved in sprouting angiogenesis / positive regulation of lens fiber cell differentiation / positive regulation of endothelial cell chemotaxis to fibroblast growth factor / positive regulation of cell fate specification / regulation of retinal cell programmed cell death / Formation of intermediate mesoderm / regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis ...growth factor dependent regulation of skeletal muscle satellite cell proliferation / positive regulation of inner ear auditory receptor cell differentiation / positive regulation of neuroepithelial cell differentiation / regulation of blood vessel endothelial cell proliferation involved in sprouting angiogenesis / positive regulation of lens fiber cell differentiation / positive regulation of endothelial cell chemotaxis to fibroblast growth factor / positive regulation of cell fate specification / regulation of retinal cell programmed cell death / Formation of intermediate mesoderm / regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / FGFRL1 modulation of FGFR1 signaling / corticotropin hormone secreting cell differentiation / thyroid-stimulating hormone-secreting cell differentiation / chondroblast differentiation / lymphatic endothelial cell migration / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Kastrup, J.S. / Eriksson, E.S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: X-ray structure of the 154-amino-acid form of recombinant human basic fibroblast growth factor. comparison with the truncated 146-amino-acid form. 著者: Kastrup, J.S. / Eriksson, E.S. / Dalboge, H. / Flodgaard, H. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 36.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 26.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 4fgfS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | ![]() 分子量: 14800.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-PO4 / ![]() |
#3: 化合物 | ChemComp-BME / ![]() |
#4: 水 | ChemComp-HOH / ![]() |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 35 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化![]() | 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: THE PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 30-40 % PEG1000 AND 0.2-0.3 % 2-MERCAPTOETHANOL BY THE HANGING DROP VAPOR DIFFUSION METHOD., pH 7.5, vapor diffusion - hanging drop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: XUONG-HAMLIN MULTIWIRE / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1991年7月1日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 2→20 Å / Num. obs: 7035 / % possible obs: 84 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.2 % / Biso Wilson estimate: 22 Å2 / Rsym value: 0.047 / Net I/σ(I): 9.3 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.1 Å / 冗長度: 1.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Rsym value: 0.201 / % possible all: 46 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 15506 / Rmerge(I) obs: 0.043 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() 開始モデル: PDB ENTRY 4FGF 解像度: 2→20 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: TNT PROTGEO 詳細: THE B-FACTORS WERE REFINED USING PROLSQ. THERE IS ONE RESIDUE (SER 151) WITH DEVIATING PHI, PSI ANGLES IN THE RAMACHANDRAN PLOT.
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: TNT / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.19 / Rfactor Rwork![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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