+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1bc5 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | CHEMOTAXIS RECEPTOR RECOGNITION BY PROTEIN METHYLTRANSFERASE CHER | ||||||
要素 |
| ||||||
キーワード | COMPLEX (METHYLTRANSFERASE/PEPTIDE) / METHYLTRANSFERASE (メチルトランスフェラーゼ) / PEPTIDE BINDING (ペプチド) / CHEMOTAXIS RECEPTOR / COMPLEX (METHYLTRANSFERASE-PEPTIDE) / COMPLEX (METHYLTRANSFERASE-PEPTIDE) complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 protein-glutamate O-methyltransferase / protein-glutamate O-methyltransferase activity / 走化性 / メチル化 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Salmonella typhimurium (サルモネラ菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Djordjevic, S. / Stock, A.M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1998 タイトル: Chemotaxis receptor recognition by protein methyltransferase CheR. 著者: Djordjevic, S. / Stock, A.M. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1bc5.cif.gz | 67.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1bc5.ent.gz | 52.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1bc5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bc/1bc5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bc/1bc5 | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | 1af7S S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30992.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (サルモネラ菌) プラスミド: PME43 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HB101 参照: UniProt: P07801, protein-glutamate O-methyltransferase |
---|---|
#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 721.757 Da / 分子数: 1 Fragment: C-TERMINAL PENTAPEPTIDE, ACETYLATED ASN-TRP-GLU-THR-PHE 由来タイプ: 組換発現 |
#3: 化合物 | ChemComp-CO / |
#4: 化合物 | ChemComp-SAH / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 52 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | pH: 6.8 詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 30 % PEG 5000 MME, 25 MM IMIDAZOLE PH 6.8, 15 MM COCL2, 1MM BETA-MERCAPTOETHANOL. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 263 K |
---|---|
放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年11月1日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: NI FILTER / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→23 Å / Num. obs: 16682 / % possible obs: 94.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 35.3 Å2 / Rsym value: 0.064 / Net I/σ(I): 7.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.26 Å / 冗長度: 2.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Rsym value: 0.28 / % possible all: 89 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 52170 / Rmerge(I) obs: 0.064 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 89 % / Rmerge(I) obs: 0.28 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1AF7 解像度: 2.2→8 Å / Data cutoff high absF: 10000000 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 25.3 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→8 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Xplor file |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor Rwork: 0.204 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.204 / Rfactor Rfree: 0.288 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
|