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- PDB-1b87: CRYSTAL STRUCTURE OF AN AMINOGLYCOSIDE 6'-N-ACETYLTRANSFERASE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1b87
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF AN AMINOGLYCOSIDE 6'-N-ACETYLTRANSFERASE
要素PROTEIN (AMINOGLYCOSIDE N6'-ACETYLTRANSFERASE TYPE 1)
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / AMINOGLYCOSIDE 6'-N-ACETYLTRANSFERASE / ANTIBIOTIC RESISTANCE (抗微生物薬耐性) / ACETYL COENZYME A (アセチルCoA)
機能・相同性
機能・相同性情報


acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups
類似検索 - 分子機能
Acetyltransferase (GNAT) family / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain profile. / GNAT domain / Acyl-CoA N-acyltransferase / Aminopeptidase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETYL COENZYME *A / Aac(6')-Ii protein
類似検索 - 構成要素
生物種Enterococcus faecium (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Wybenga-Groot, L.E. / Berghuis, A.M.
引用ジャーナル: Structure Fold.Des. / 年: 1999
タイトル: Crystal structure of an aminoglycoside 6'-N-acetyltransferase: defining the GCN5-related N-acetyltransferase superfamily fold.
著者: Wybenga-Groot, L.E. / Draker, K. / Wright, G.D. / Berghuis, A.M.
履歴
登録1999年2月9日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年6月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (AMINOGLYCOSIDE N6'-ACETYLTRANSFERASE TYPE 1)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,4122
ポリマ－20,6021
非ポリマー8101
水50428
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: PROTEIN (AMINOGLYCOSIDE N6'-ACETYLTRANSFERASE TYPE 1)
ヘテロ分子

A: PROTEIN (AMINOGLYCOSIDE N6'-ACETYLTRANSFERASE TYPE 1)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,8234
ポリマ－41,2042
非ポリマー1,6192
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation26_655-x+1,-y+1/2,z1
Buried area5300 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area17000 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)146.960, 146.960, 146.960
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number214
Cell settingcubic
Space group name H-MI4132

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN (AMINOGLYCOSIDE N6'-ACETYLTRANSFERASE TYPE 1) / AAC


分子量: 20602.066 Da / 分子数: 1 / 変異: VAL127GLU / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecium (バクテリア) / 参照: UniProt: Q47764
#2: 化合物 ChemComp-ACO / ACETYL COENZYME *A / アデノシン3′-りん酸5′-[二りん酸P2-[(R)-3-ヒドロキシ-2,2-ジメチル-3-[[(以下略) / アセチルCoA


分子量: 809.571 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H38N7O17P3S
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 62 %
結晶化pH: 7.5 / 詳細: pH 7.5
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1D(+)-SUCROSE11
2(NH4)2SO411
結晶化
*PLUS
温度: 22 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
17-10 mg/mlprotein1drop
22 mM1dropAcCoA
35 %(w/v)D(+)-sucrose1drop
40.7 Mammonium sulfate1drop
52.0 Mammonium sulfate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 103 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F2 / 波長: 0.9809, 0.9795, 0.9792, 0.9770
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1998年1月15日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.98091
20.97951
30.97921
40.9771
反射解像度: 2.8→40 Å / Num. obs: 6085 / % possible obs: 89.7 % / 冗長度: 2.1 % / Biso Wilson estimate: 19.2 Å2 / Rsym value: 12.7 / Net I/σ(I): 4.3
反射 シェル解像度: 2.8→2.94 Å / 冗長度: 2.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Rsym value: 33.2 / % possible all: 88.9
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.127
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 88.9 % / Rmerge(I) obs: 0.332

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SOLVE位相決定
SHARP位相決定
X-PLOR3.843精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.7→40 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.234 825 10.7 %RANDOM
Rwork0.188 ---
obs-7718 99.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 11.5 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.33 Å0.24 Å
Luzzati d res low-40 Å
Luzzati sigma a0.29 Å0.2 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1452 0 51 28 1531
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d24.9
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.16
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it2.211.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it3.32
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it4.092
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it5.512.5
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.87 Å / Rfactor Rfree error: 0.027 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.313 138 11.1 %
Rwork0.245 1109 -
obs--99.4 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2ACO.PARACO.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WAT.PARWAT.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.843 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg24.9
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.16

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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