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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1axr | ||||||
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タイトル | COOPERATIVITY BETWEEN HYDROGEN-BONDING AND CHARGE-DIPOLE INTERACTIONS IN THE INHIBITION OF BETA-GLYCOSIDASES BY AZOLOPYRIDINES: EVIDENCE FROM A STUDY WITH GLYCOGEN PHOSPHORYLASE B | ||||||
![]() | GLYCOGEN PHOSPHORYLASE![]() | ||||||
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機能・相同性 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Oikonomakos, N.G. / Heightman, T.D. | ||||||
![]() | ジャーナル: HELV.CHIM.ACTA / 年: 1998 タイトル: Cooperative interactions of the catalytic nucleophile and the catalytic acid in the inhibition of beta-glycosidases. Calculations and their validation by comparative kinetic and ...タイトル: Cooperative interactions of the catalytic nucleophile and the catalytic acid in the inhibition of beta-glycosidases. Calculations and their validation by comparative kinetic and structural studies of the inhibition of glycogen phosphorylase b. 著者: Heightman, T.D. / Vasella, A. / Tsitsanou, K.E. / Zographos, S.E. / Skamnaki, V.T. / Oikonomakos, N.G. #1: ![]() タイトル: Ternary Complex Crystal Structures of Glycogen Phosphorylase with the Transition State Analogue Nojirimycin Tetrazole and Phosphate in the T and R States 著者: Mitchell, E.P. / Withers, S.G. / Ermert, P. / Vasella, A.T. / Garman, E.F. / Oikonomakos, N.G. / Johnson, L.N. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 190.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 150.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | ![]() 分子量: 97291.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P00489, ![]() | ||||||
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#2: 化合物 | ![]() #3: 化合物 | ChemComp-PLP / | ![]() #4: 化合物 | ChemComp-HTP / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化![]() | 手法: soak native crystals / pH: 6.7 詳細: NATIVE T-STATE GLYCOGEN PHOSPHORYLASE CRYSTALS WERE SOAKED WITH 10 MM BES, 0.1 MM EDTA AND 0.02% SODIUM AZIDE SOLUTION CONTAINING 5 MM TRIAZOLE AND 50 MM SODIUM DIHYDROGEN PHOSPHATE FOR 1 ...詳細: NATIVE T-STATE GLYCOGEN PHOSPHORYLASE CRYSTALS WERE SOAKED WITH 10 MM BES, 0.1 MM EDTA AND 0.02% SODIUM AZIDE SOLUTION CONTAINING 5 MM TRIAZOLE AND 50 MM SODIUM DIHYDROGEN PHOSPHATE FOR 1 HOUR., pH 6.7, soak native crystals | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 16 ℃ / 手法: unknown | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MAR scanner 180 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年3月1日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 2.3→15 Å / Num. obs: 37906 / % possible obs: 89.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.097 / Net I/σ(I): 9.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.34 Å / Rmerge(I) obs: 0.258 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 76.1 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 76.1 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.3→8 Å / Rfactor Rfree error: 0.0034 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 2
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原子変位パラメータ | Biso mean: 25 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→8 Å
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拘束条件 |
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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