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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ast | ||||||
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タイトル | STRUCTURE OF ASTACIN AND IMPLICATIONS FOR ACTIVATION OF ASTACINS AND ZINC-LIGATION OF COLLAGENASES | ||||||
要素 | ASTACINアスタシン | ||||||
キーワード | HYDROLASE(METALLOPROTEINASE) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 アスタシン / glutamic-type peptidase activity / negative regulation of binding of sperm to zona pellucida / aspartic-type peptidase activity / prevention of polyspermy / cortical granule / positive regulation of protein processing / 受精 / metalloendopeptidase activity / peptidase activity ...アスタシン / glutamic-type peptidase activity / negative regulation of binding of sperm to zona pellucida / aspartic-type peptidase activity / prevention of polyspermy / cortical granule / positive regulation of protein processing / 受精 / metalloendopeptidase activity / peptidase activity / 細胞接着 / タンパク質分解 / zinc ion binding / 細胞膜 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Astacus astacus (ヨーロッパザリガニ) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Bode, W. / Gomis-Rueth, F.X. / Stoecker, W. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 1992 タイトル: Structure of astacin and implications for activation of astacins and zinc-ligation of collagenases. 著者: Bode, W. / Gomis-Ruth, F.X. / Huber, R. / Zwilling, R. / Stocker, W. #1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993 タイトル: Refined 1.8 Angstroms X-Ray Crystal Structure of Astacin, a Zinc-Endopeptidase from the Crayfish Astacus Astacus L. Structure Determination, Refinement, Molecular Structure and Comparison with Thermolysin 著者: Gomis-Rueth, F.X. / Stoecker, W. / Huber, R. / Zwilling, R. / Bode, W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ast.cif.gz | 55.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1ast.ent.gz | 39.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ast.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/as/1ast ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/as/1ast | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22617.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Astacus astacus (ヨーロッパザリガニ) 参照: UniProt: P07584, アスタシン |
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#2: 化合物 | ChemComp-ZN / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.03 % |
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結晶化 | *PLUS pH: 7 / 手法: その他 |
溶液の組成 | *PLUS 一般名: ammonium sulfate |
-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | Rfactor Rwork: 0.158 / Rfactor obs: 0.158 / 最高解像度: 1.8 Å | ||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 1.8 Å
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / 分類: refinement | ||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 10 Å / Num. reflection obs: 19805 / Rfactor obs: 0.158 / Rfactor Rwork: 0.158 | ||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: x_bond_d / Dev ideal: 0.012 |