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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1aro | ||||||
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タイトル | T7 RNA POLYMERASE COMPLEXED WITH T7 LYSOZYME | ||||||
要素 |
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キーワード | COMPLEX (POLYMERASE/HYDROLASE) / TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE (ポリメラーゼ) / HYDROLASE (加水分解酵素) / GLYCOSIDASE / COMPLEX (POLYMERASE-HYDROLASE) / COMPLEX (POLYMERASE-HYDROLASE) complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase / mitochondrial promoter sequence-specific DNA binding / DNA-templated viral transcription / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase activity / negative regulation of viral transcription / viral release from host cell by cytolysis / DNA-directed RNA polymerase complex / peptidoglycan catabolic process / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / ポリメラーゼ ...N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase / mitochondrial promoter sequence-specific DNA binding / DNA-templated viral transcription / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase activity / negative regulation of viral transcription / viral release from host cell by cytolysis / DNA-directed RNA polymerase complex / peptidoglycan catabolic process / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / ポリメラーゼ / host cell cytoplasm / defense response to bacterium / DNA-templated transcription / zinc ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Enterobacteria phage T7 (ファージ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 2.8 Å | ||||||
データ登録者 | Steitz, T. / Jeruzalmi, D. | ||||||
引用 | ジャーナル: EMBO J. / 年: 1998 タイトル: Structure of T7 RNA polymerase complexed to the transcriptional inhibitor T7 lysozyme. 著者: Jeruzalmi, D. / Steitz, T.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1aro.cif.gz | 198.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1aro.ent.gz | 154.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1aro.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ar/1aro ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ar/1aro | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 98936.039 Da / 分子数: 1 / 変異: C347S, C723S, C839S / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Enterobacteria phage T7 (ファージ) 属: T7-like viruses / 遺伝子: T7 / プラスミド: T7 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 遺伝子 (発現宿主): T7 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P00573, ポリメラーゼ |
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#2: タンパク質 | 分子量: 17007.309 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Enterobacteria phage T7 (ファージ) 属: T7-like viruses / 遺伝子: T7 / プラスミド: T7 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 遺伝子 (発現宿主): T7 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P00806, N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase |
#3: 化合物 | ChemComp-HG / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 69 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7 / 詳細: pH 7.0 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 12 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Jeruzalmi, D., (1997) J. Mol. Biol., 274, 748. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F2 / 波長: 0.908 |
検出器 | タイプ: FUJI / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1993年10月1日 / 詳細: MIRROR |
放射 | モノクロメーター: SI(111) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.908 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→100 Å / Num. obs: 38310 / % possible obs: 93.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.096 / Rsym value: 0.096 / Net I/σ(I): 13.37 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.44 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Rsym value: 0.44 / % possible all: 76.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.8→30 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→30 Å
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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