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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1aqz | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF A HIGHLY SPECIFIC ASPERGILLUS RIBOTOXIN, RESTRICTOCIN | ||||||
要素 | RESTRICTOCIN | ||||||
キーワード | RIBOTOXIN / RIBOSOME-INACTIVATING PROTEIN / PROTEIN-RNA SPECIFIC INTERACTION / LAUE DIFFRACTION (X線回折) / CELL-ENTRY ACTIVITY | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / RNA nuclease activity / negative regulation of translation / RNA binding / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Aspergillus restrictus (カビ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / SINGLE ISOMORPHOUS REPLACEMENT, ANOMALOUS SCATTERING / 解像度: 1.7 Å | ||||||
データ登録者 | Yang, X. / Moffat, K. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 1996 タイトル: Insights into specificity of cleavage and mechanism of cell entry from the crystal structure of the highly specific Aspergillus ribotoxin, restrictocin. 著者: Yang, X. / Moffat, K. #1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1993 タイトル: The Conformation of the Sarcin/Ricin Loop from 28S Ribosomal RNA 著者: Szewczak, A.A. / Moore, P.B. / Chan, Y.L. / Wool, I.G. #2: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.B / 年: 1991 タイトル: Determination and Restrained Least-Squares Refinement of the Structures of Ribonuclease Sa and its Complex with 3'-Guanylic Acid at 1.8 A Resolution 著者: Sevcik, J. / Dodson, E.J. / Dodson, G.G. #3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1991 タイトル: Crystallization and Preliminary Characterization of Mitogillin, a Ribosomal Ribonuclease from Aspergillus Restrictus 著者: Martinez, S.E. / Smith, J.L. #4: ジャーナル: Trends Biochem.Sci. / 年: 1984 タイトル: The Mechanism of Action of the Cytotoxic Nuclease Alpha-Sarcin and its Use to Analyse Ribosome Structure 著者: Wool, I.G. #5: ジャーナル: Nature / 年: 1982 タイトル: Specific Protein-Nucleic Acid Recognition in Ribonuclease T1-2'-Guanylic Acid Complex: An X-Ray Study 著者: Heinemann, U. / Saenger, W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1aqz.cif.gz | 69.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1aqz.ent.gz | 56.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1aqz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aq/1aqz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aq/1aqz | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.996739, 0.022599, -0.077458), ベクター: |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16888.893 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: INORGANIC PHOSPHATE GROUP AT THE ACTIVE SITE / 由来: (天然) Aspergillus restrictus (カビ) 参照: UniProt: P67876, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46 % 解説: DATA WERE COLLECTED USING LAUE DIFFRACTION. 62 IMAGES WERE COLLECTED. TOTAL EXPOSURE TIME IS 325 MS. | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, microdialysis / pH: 6.8 詳細: A COMBINATION OF VAPOR DIFFUSION AND MICRODIALYSIS TECHNIQUES WERE USED TO CRYSTALLIZE RESTRICTOCIN. THE FINAL MOTHER LIQUOR CONSISTS OF 60% ETHANOL, 10MM SODIUM PHOSPHATE, PH6.8. THE PROTEIN ...詳細: A COMBINATION OF VAPOR DIFFUSION AND MICRODIALYSIS TECHNIQUES WERE USED TO CRYSTALLIZE RESTRICTOCIN. THE FINAL MOTHER LIQUOR CONSISTS OF 60% ETHANOL, 10MM SODIUM PHOSPHATE, PH6.8. THE PROTEIN CONCENTRATION IS 10MG/ML., vapor diffusion and microdialysis | ||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法 | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K | |||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X26C / 波長: 0.7 / 波長: 0.7, 2.05 | |||||||||
検出器 | タイプ: FUJI / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1994年8月1日 / 詳細: MIRROR | |||||||||
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): L / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.7→8 Å / Num. obs: 28328 / % possible obs: 85.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 8 % / Rmerge(I) obs: 0.039 | |||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.78 Å / % possible all: 54.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: SINGLE ISOMORPHOUS REPLACEMENT, ANOMALOUS SCATTERING 解像度: 1.7→8 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
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原子変位パラメータ | Biso mean: 19.9 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→8 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.7→1.78 Å / Total num. of bins used: 8
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.177 / Rfactor Rfree: 0.237 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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