+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1aqk | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF A HUMAN FAB WITH HIGH AFFINITY FOR TETANUS TOXOID | |||||||||
![]() | (FAB B7-15A2) x 2 | |||||||||
![]() | ![]() ![]() | |||||||||
機能・相同性 | ![]() IgD immunoglobulin complex / IgM immunoglobulin complex / IgA immunoglobulin complex / IgE immunoglobulin complex / CD22 mediated BCR regulation / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Faber, C. / Fan, Z. / Edmundson, A.B. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Three-dimensional structure of a human Fab with high affinity for tetanus toxoid. 著者: Faber, C. / Shan, L. / Fan, Z. / Guddat, L.W. / Furebring, C. / Ohlin, M. / Borrebaeck, C.A. / Edmundson, A.B. | |||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 98.6 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 77.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2fb4S S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: 抗体 | 分子量: 22699.068 Da / 分子数: 1 / 断片: FAB / 由来タイプ: 天然 / 詳細: IMMUNOGLOBULIN HUMAN FAB / 由来: (天然) ![]() ![]() |
---|---|
#2: 抗体 | 分子量: 24290.426 Da / 分子数: 1 / 断片: FAB / 由来タイプ: 天然 / 詳細: IMMUNOGLOBULIN HUMAN FAB / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#3: 水 | ChemComp-HOH / ![]() |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.98 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化![]() | pH: 8.5 / 詳細: pH 8.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: unknown / 詳細: used to seeding | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 286 K |
---|---|
放射光源 | 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1992年5月1日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: NO / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 1.84→20 Å / Num. obs: 32194 / % possible obs: 81 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.5 % / Biso Wilson estimate: 20 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Net I/σ(I): 33.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.84→1.96 Å / 冗長度: 1.4 % / Rmerge(I) obs: 0.14 / Mean I/σ(I) obs: 8.5 / % possible all: 49 |
反射 | *PLUS Num. all: 39263 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2FB4 解像度: 1.84→20 Å / Isotropic thermal model: TNT BCORREL / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: TNT PROTGEO /
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 溶媒モデル: BABINET SCALING / Bsol: 150 Å2 / ksol: 0.7 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.84→20 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: TNT / バージョン: 5E / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.185 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
|