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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1anb | ||||||
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タイトル | ANIONIC TRYPSIN MUTANT WITH SER 214 REPLACED BY GLU | ||||||
要素 | ANIONIC TRYPSIN | ||||||
キーワード | SERINE PROTEASE (セリンプロテアーゼ) / TRYPSIN (トリプシン) / ANIONIC (イオン) / HYDROLASE (加水分解酵素) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 抗微生物ペプチド / Alpha-defensins / Activation of Matrix Metalloproteinases / Collagen degradation / Neutrophil degranulation / collagen catabolic process / トリプシン / 消化 / response to nutrient / serine-type endopeptidase activity ...抗微生物ペプチド / Alpha-defensins / Activation of Matrix Metalloproteinases / Collagen degradation / Neutrophil degranulation / collagen catabolic process / トリプシン / 消化 / response to nutrient / serine-type endopeptidase activity / calcium ion binding / タンパク質分解 / extracellular space / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Rattus rattus (エジプトネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / DIFFERENCE FOURIER / 解像度: 2.8 Å | ||||||
データ登録者 | Fletterick, R.J. / Mcgrath, M.E. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 1992 タイトル: Perturbing the polar environment of Asp102 in trypsin: consequences of replacing conserved Ser214. 著者: McGrath, M.E. / Vasquez, J.R. / Craik, C.S. / Yang, A.S. / Honig, B. / Fletterick, R.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1anb.cif.gz | 55.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1anb.ent.gz | 42.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1anb.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/an/1anb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/an/1anb | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23856.873 Da / 分子数: 1 / 変異: S214E / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Rattus rattus (エジプトネズミ) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00763, トリプシン | ||
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#2: 化合物 | ChemComp-CA / | ||
#3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 63 % |
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結晶化 | pH: 8 / 詳細: pH 8.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 273 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1990 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 最高解像度: 2.6 Å / Num. obs: 9600 / 冗長度: 1.6 % / Rsym value: 0.13 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 33300 / Rmerge(I) obs: 0.13 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: DIFFERENCE FOURIER / 解像度: 2.8→7 Å / Rfactor Rwork: 0.167 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→7 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: PROLSQ / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.167 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: p_angle_deg / Dev ideal: 2.4 |