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万見
- PDB-1af7: CHER FROM SALMONELLA TYPHIMURIUM -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1af7
タイトルCHER FROM SALMONELLA TYPHIMURIUM
要素CHEMOTAXIS RECEPTOR METHYLTRANSFERASE CHER
キーワードMETHYLTRANSFERASE (メチルトランスフェラーゼ) / CHEMOTAXIS RECEPTOR METHYLATION
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-glutamate O-methyltransferase / protein-glutamate O-methyltransferase activity / 走化性 / メチル化
類似検索 - 分子機能
Chemotaxis Receptor Methyltransferase Cher; domain 1 / Chemotaxis receptor methyltransferase CheR, N-terminal domain / Chemotaxis protein methyltransferase CheR / Chemotaxis receptor methyltransferase CheR, N-terminal domain superfamily / MCP methyltransferase, CheR-type / Chemotaxis receptor methyltransferase CheR, N-terminal / MCP methyltransferase, CheR-type, SAM-binding domain, C-terminal / CheR methyltransferase, SAM binding domain / CheR methyltransferase, all-alpha domain / CheR-type methyltransferase domain profile. ...Chemotaxis Receptor Methyltransferase Cher; domain 1 / Chemotaxis receptor methyltransferase CheR, N-terminal domain / Chemotaxis protein methyltransferase CheR / Chemotaxis receptor methyltransferase CheR, N-terminal domain superfamily / MCP methyltransferase, CheR-type / Chemotaxis receptor methyltransferase CheR, N-terminal / MCP methyltransferase, CheR-type, SAM-binding domain, C-terminal / CheR methyltransferase, SAM binding domain / CheR methyltransferase, all-alpha domain / CheR-type methyltransferase domain profile. / Methyltransferase, chemotaxis proteins / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / ロスマンフォールド / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
S-アデノシル-L-ホモシステイン / Chemotaxis protein methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / 多重同系置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Djordjevic, S. / Stock, A.M.
引用ジャーナル: Structure / 年: 1997
タイトル: Crystal structure of the chemotaxis receptor methyltransferase CheR suggests a conserved structural motif for binding S-adenosylmethionine.
著者: Djordjevic, S. / Stock, A.M.
履歴
登録1997年3月22日処理サイト: BNL
改定 1.01998年1月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CHEMOTAXIS RECEPTOR METHYLTRANSFERASE CHER
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,9172
ポリマ－31,5331
非ポリマー3841
水2,000111
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)55.450, 47.960, 63.060
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 112.64, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 CHEMOTAXIS RECEPTOR METHYLTRANSFERASE CHER


分子量: 31533.041 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: STRUCTURE INCLUDES S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE
由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
プラスミド: PME43 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HB101
参照: UniProt: P07801, protein-glutamate O-methyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン / S-アデノシル-L-ホモシステイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 111 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 40 %
結晶化pH: 5.6
詳細: MICROSEEDING; 1.2 M AMMONIUM SULFATE, 2% PEG 400, 25 MM SODIUM CITRATE PH 5.6. PRIOR TO DATA COLLECTION CRYSTAL WAS SOAKED IN THE SAME SOLUTION WITH PH ADJUSTED TO 7.0.
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
11.2 Mammonium salfate1reservoir
22 %PEG4001reservoir
325 mMsodium citrate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 273 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS II / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年1月1日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: NI FILTER / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.06→34.3 Å / Num. obs: 18331 / % possible obs: 93 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 11
反射 シェル解像度: 2.06→2.25 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.013 / Mean I/σ(I) obs: 6.4 / % possible all: 91.8

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解析

ソフトウェア
名称分類
ARP/wARPモデル構築
PHASES位相決定
DENZOデータ削減
CCP4データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2→34.3 Å / σ(F): 2
詳細: RESIDUES 13 - 22, AND 184 - 194 BELONG TO WEAKLY DEFINED REGIONS. RESIDUE SER 125 HAS PHI PSI VALUES OUTSIDE OF THE EXPECTED RANGE BUT THIS IS REAL BUT THIS IS REAL AND IT IS TRUE FOR ALL ...詳細: RESIDUES 13 - 22, AND 184 - 194 BELONG TO WEAKLY DEFINED REGIONS. RESIDUE SER 125 HAS PHI PSI VALUES OUTSIDE OF THE EXPECTED RANGE BUT THIS IS REAL BUT THIS IS REAL AND IT IS TRUE FOR ALL METHYLTRANSFERASES IN THAT POSITION. THAT RESIDUE IS PART OF THE LOOP THAT IS FOUND TO BE IMPORTANT FOR THE CATALYTIC PART OF THE LOOP THAT IS FOUND TO BE IMPORTANT FOR THE CATALYTIC ACTIVITY AND UNIQUE FOR METHYLTRANSFERASES. BACKBONE ANGLES FOR REGION 121 - 127 ARE ALSO DEVIATING BUT THEY TOO ARE INVOLVED IN FORMATION OF THIS SPECIFIC LOOP.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.28 -5 %
Rwork0.2 --
obs-18035 93 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→34.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2264 0 26 111 2401
ソフトウェア
*PLUS
名称: ARP / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Num. reflection all: 18331 / Rfactor obs: 0.196
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.7

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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