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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1a7k | ||||||
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タイトル | GLYCOSOMAL GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE DEHYDROGENASE IN A MONOCLINIC CRYSTAL FORM | ||||||
![]() | GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE DEHYDROGENASE![]() | ||||||
![]() | ![]() ![]() ![]() | ||||||
機能・相同性 | ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kim, H. / Hol, W.G.J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of Leishmania mexicana glycosomal glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase in a new crystal form confirms the putative physiological active site structure. 著者: Kim, H. / Hol, W.G. #1: ![]() タイトル: Crystal Structure of Glycosomal Glyceraldehyde-3-Phosphate Dehydrogenase from Leishmania Mexicana: Implications for Structure-Based Drug Design and a New Position for the Inorganic Phosphate Binding Site 著者: Kim, H. / Feil, I.K. / Verlinde, C.L. / Petra, P.H. / Hol, W.G. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 276.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 228.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.999472, 0.030711, -0.010656), ベクター ![]() |
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要素
#1: タンパク質 | ![]() 分子量: 38953.504 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: ONE BOUND NAD AND TWO BOUND PHOSPHATES PER MONOMER 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 細胞株: BL21 / プラスミド: PET-3A / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: Q27890, ![]() #2: 化合物 | ChemComp-PO4 / ![]() #3: 化合物 | ChemComp-NAD / ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.94 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化![]() | 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7 詳細: VAPOR DIFFUSION: 100 MM SODIUM PHOSPHATE, 27.5% PEG-1000 PH 7.0 (PH ADJUSTED WITH 100 MM CITRIC ACID), vapor diffusion | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: FUJI / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年10月2日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 2.8→20 Å / Num. obs: 28710 / % possible obs: 81 % / 冗長度: 2.5 % / Biso Wilson estimate: 52 Å2 / Rsym value: 0.071 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Rsym value: 0.481 / % possible all: 81 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 78266 / Rmerge(I) obs: 0.071 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 81 % / Rmerge(I) obs: 0.481 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: TRYPANOSOMA BRUCEI GAPDH 解像度: 2.8→8 Å / 交差検証法: THROUGHOUT
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原子変位パラメータ | Biso mean: 49 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→8 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 最高解像度: 2.8 Å / Total num. of bins used: 8
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor obs: 0.338 |