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万見
- PDB-177d: SOLUTION STRUCTURE AND HYDRATION PATTERNS OF A PYRIMIDINE(DOT)PUR... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 177d
タイトルSOLUTION STRUCTURE AND HYDRATION PATTERNS OF A PYRIMIDINE(DOT)PURINE(DOT)PYRIMIDINE DNA TRIPLEX CONTAINING A NOVEL T(DOT)CG TRIPLE
要素DNA (5'-D(*GP*AP*AP*CP*AP*GP*GP*TP*TP*TP*TP*T*CP*CP*TP*GP*TP*TP*CP*TP*TP*TP*TP*T*CP*TP*TP*TP*TP*CP*C)-3')
キーワードDNA (デオキシリボ核酸) / TRIPLEX
機能・相同性デオキシリボ核酸 / DNA (> 10)
機能・相同性情報
手法溶液NMR / MOLECULAR DYNAMICS, DISTANCE GEOMETRY
データ登録者Radhakrishnan, I. / Patel, D.J.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1994
タイトル: Solution structure and hydration patterns of a pyrimidine.purine.pyrimidine DNA triplex containing a novel T.CG base-triple.
著者: Radhakrishnan, I. / Patel, D.J.
履歴
登録1994年5月24日処理サイト: BNL
改定 1.01994年10月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月16日Group: Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*GP*AP*AP*CP*AP*GP*GP*TP*TP*TP*TP*T*CP*CP*TP*GP*TP*TP*CP*TP*TP*TP*TP*T*CP*TP*TP*TP*TP*CP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,4071
ポリマ－9,4071
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)6 / 6all calculated structures submitted
代表モデル

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*AP*AP*CP*AP*GP*GP*TP*TP*TP*TP*T*CP*CP*TP*GP*TP*TP*CP*TP*TP*TP*TP*T*CP*TP*TP*TP*TP*CP*C)-3')


分子量: 9407.036 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: CHEMICALLY SYNTHESIZED / キーワード: DEOXYRIBONUCLEIC ACID

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
NMR software名称: X-PLOR / 開発者: BRUNGER / 分類: 精密化
精密化手法: MOLECULAR DYNAMICS, DISTANCE GEOMETRY / ソフトェア番号: 1
詳細: NUMBER OF NUCLEIC ACID ATOMS -- 415 RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS CALCULATIONS WERE CONDUCTED ON IDEALIZED A'- AND B-FORM STARTING STRUCTURES. ONLY THE TRIPLEX REGION IN THE SEQUENCE WAS ...詳細: NUMBER OF NUCLEIC ACID ATOMS -- 415 RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS CALCULATIONS WERE CONDUCTED ON IDEALIZED A'- AND B-FORM STARTING STRUCTURES. ONLY THE TRIPLEX REGION IN THE SEQUENCE WAS CONSIDERED. SIX STRUCTURES WERE CALCULATED INITIALLY USING DISTANCE RESTRAINTS. A MAJORITY OF THE DISTANCE RESTRAINTS WERE SUBSEQUENTLY REPLACED BY NOE INTENSITY RESTRAINTS. THE R(1/6) VALUE WAS MONITORED DURING THE REFINEMENTS. EACH STRUCTURE WAS SUBJECTED TO 500 CYCLES OF ENERGY MINIMIZATION AFTER THE DYNAMICS. NO AVERAGE STRUCTURE WAS CALCULATED. THE R(1/6) VALUE FOR THE MINIMIZED STRUCTURE REPRESENTING THE ENSEMBLE IS 0.024. THE DYNAMICS SIMULATIONS WERE PERFORMED IN THE PRESENCE OF EXPLICIT SOLVENT MOLECULES AND 15 NA+ COUNTER IONS. THE SUMMATION EXTENDS THROUGH ALL ASSIGNABLE, QUANTIFIABLE CROSS PEAK INTENSITIES IN NOESY SPECTRA RECORDED AT MIXING TIMES OF 40, 90 AND 150 MS. RMS DEVIATIONS FROM IDEALIZED GEOMETRY FOR THE MINIMIZED STRUCTURE `RM' REPRESENTING THE ENSEMBLE ARE AS FOLLOWS: RM BOND (ANGSTROMS) 0.016 (0.016) ANGLES (DEGREES) 3.825 (3.734) IMPROPERS (DEGREES) 0.552 (0.391) THE VALUES IN PARENTHESES CORRESPOND TO THE AVERAGE VALUES FOR THE ENSEMBLE OF SIX STRUCTURES.
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: all calculated structures submitted
計算したコンフォーマーの数: 6 / 登録したコンフォーマーの数: 6

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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