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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 157d | ||||||||||||||||||
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タイトル | CRYSTAL AND MOLECULAR STRUCTURE OF R(CGCGAAUUAGCG): AN RNA DUPLEX CONTAINING TWO G(ANTI).A(ANTI) BASE-PAIRS | ||||||||||||||||||
要素 | RNA (5'-R(*キーワード | RNA (リボ核酸) / A-RNA / DOUBLE HELIX / MISMATCHED | 機能・相同性 | リボ核酸 / RNA (> 10) | 機能・相同性情報 手法 | X線回折 / 解像度: 1.8 Å | データ登録者 | Leonard, G.A. / McAuley-Hecht, K.E. / Ebel, S. / Lough, D.M. / Brown, T. / Hunter, W.N. | 引用 | ジャーナル: Structure / 年: 1994 | タイトル: Crystal and molecular structure of r(CGCGAAUUAGCG): an RNA duplex containing two G(anti).A(anti) base pairs. 著者: Leonard, G.A. / McAuley-Hecht, K.E. / Ebel, S. / Lough, D.M. / Brown, T. / Hunter, W.N. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 157d.cif.gz | 24.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb157d.ent.gz | 15.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 157d.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/57/157d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/57/157d | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 3851.360 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.43 % | ||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: pH 6.50, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP / Temp details: ROOM TEMPERATURE | ||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 297 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE |
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 最高解像度: 1.8 Å / Num. obs: 3863 / Observed criterion σ(I): 1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.8 Å / Observed criterion σ(I): 1 / Rmerge(I) obs: 0.057 |
-解析
ソフトウェア | 名称: NUCLSQ / 分類: 精密化 | ||||||||||||
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精密化 | 解像度: 1.8→7 Å / σ(F): 3 /
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Refine Biso |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→7 Å
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 7 Å / σ(F): 3 / Rfactor obs: 0.19 | ||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: n_chiral_restr / Dev ideal: 0.279 |