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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 135l | |||||||||
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タイトル | X-RAY STRUCTURE OF MONOCLINIC TURKEY EGG LYSOZYME AT 1.3 ANGSTROMS RESOLUTION | |||||||||
要素 | TURKEY EGG WHITE LYSOZYME | |||||||||
キーワード | HYDROLASE(O-GLYCOSYL) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 glycosaminoglycan binding / cell wall macromolecule catabolic process / リゾチーム / lysozyme activity / killing of cells of another organism / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / extracellular space / identical protein binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Meleagris gallopavo (シチメンチョウ) | |||||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 1.3 Å | |||||||||
データ登録者 | Harata, K. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1993 タイトル: X-ray structure of monoclinic turkey egg lysozyme at 1.3 A resolution. 著者: Harata, K. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 135l.cif.gz | 34.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb135l.ent.gz | 26.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 135l.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/35/135l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/35/135l | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14228.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Meleagris gallopavo (シチメンチョウ) 組織: EGG WHITE卵白 / 参照: UniProt: P00703, リゾチーム |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.07 % | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 手法: batch method | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.3 Å / % possible obs: 91.3 % / Num. measured all: 25232 / Rmerge(I) obs: 0.051 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.3→10 Å / Rfactor Rwork: 0.189 / Rfactor obs: 0.189 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.3→10 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.5 Å / 最低解像度: 10 Å / σ(F): 3 / Rfactor obs: 0.193 / Rfactor Rwork: 0.193 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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